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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28226 | |||||||||||||||
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タイトル | Bacteriophage HRP29 Icosohedral Reconstruction | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 | Shigella phage HRP29 != Shigella phage Buco Shigella phage HRP29
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キーワード | HRP29 / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein / Putative capsid protein / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Shigella phage Buco (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Subramanian S / Bergland Drarvik SM / Parent KN | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Shigella bacteriophage HRP29 著者: Subramanian S / Bergland Drarvik SM / Parent KN | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28226.map.gz | 213.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28226-v30.xml emd-28226.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28226_fsc.xml | 27.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28226.png | 273.3 KB | ||
マスクデータ | emd_28226_msk_1.map | 1.9 GB | マスクマップ | |
その他 | emd_28226_half_map_1.map.gz emd_28226_half_map_2.map.gz | 1.6 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28226 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28226 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28226_validation.pdf.gz | 631.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28226_full_validation.pdf.gz | 630.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28226_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28226_validation.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28226 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28226 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8eldMC 8em6C 8es4C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.632 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28226_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28226_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28226_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Shigella phage HRP29
全体 | 名称: Shigella phage HRP29 |
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要素 |
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-超分子 #1: Shigella phage Buco
超分子 | 名称: Shigella phage Buco / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2530183 / 生物種: Shigella phage Buco / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌) |
-分子 #1: Gp37
分子 | 名称: Gp37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 36.911305 KDa |
配列 | 文字列: MANTDYAGNL TRPHWGGAAS DVDIHLEVYQ NEVDTRFQYQ AMFLGLSSQR SVADRSNTYR IDRLNTSSVK GRTSGVALEP TPVRNDKML IVVDTVLYIR NPIDYQDDWT APDFLTEMGQ NNGSEFAEVF DQAHLIQLIK GRSWVAPAHL KPAFSDGIEI E ATIDSDVT ...文字列: MANTDYAGNL TRPHWGGAAS DVDIHLEVYQ NEVDTRFQYQ AMFLGLSSQR SVADRSNTYR IDRLNTSSVK GRTSGVALEP TPVRNDKML IVVDTVLYIR NPIDYQDDWT APDFLTEMGQ NNGSEFAEVF DQAHLIQLIK GRSWVAPAHL KPAFSDGIEI E ATIDSDVT TQAGMEANAI AINQAHKAGI DELIKRKVPL NDMITLVSTE IYSLLLEHPK LFNKDWGDAN ANGYKERRAV LM NGIPVVE CTEFPDAGTH PLGSAYTVTA DDAKCRMVTF SKSRTLVTVE AKPFTSRIWD DEQNFANVLD CYAMYQVGER RPD TAAVVK FNEAP UniProtKB: Putative capsid protein |
-分子 #2: Gp47
分子 | 名称: Gp47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 13.021738 KDa |
配列 | 文字列: MASIIAAKAK DKQYEIVGKA QNLLKQVQPL YNVGFSTTAL DLLNAYFTYM QAQGFATTRA GTGFVSDGAK LARLDNMLDQ VSKTGYVVL TGTGAPIGET SGTAFDTSFT ALRAAFLAAT TPTTA UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: Gp48
分子 | 名称: Gp48 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 6.424381 KDa |
配列 | 文字列: MAVAKATAAQ RQEFLRQLNI LAKDMYQALT QPQDLAYRGP EIDAKIAALE AATAAVKAAS UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 33.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |