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万見
- EMDB-27908: calcium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27908
タイトルcalcium channel
マップデータcalcium channel
試料
  • 複合体: Cav1.3
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCav1.3 / Channels / Calcium Ion-Selective / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of membrane repolarization during action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / high voltage-gated calcium channel activity ...voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of membrane repolarization during action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / NCAM1 interactions / calcium ion import / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / positive regulation of calcium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / calcium ion transport into cytosol / regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / ankyrin binding / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / voltage-gated calcium channel complex / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / regulation of calcium ion transport / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / neuronal dense core vesicle / voltage-gated calcium channel activity / presynaptic active zone membrane / sarcoplasmic reticulum / protein localization to plasma membrane / calcium channel regulator activity / Regulation of insulin secretion / sensory perception of sound / GABA-ergic synapse / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Z disc / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / T cell receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / synapse / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1D subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1D subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / : / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / : / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gao S / Yao X / Yan N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM130762 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the severe adverse interaction of sofosbuvir and amiodarone on L-type Ca channels.
著者: Xia Yao / Shuai Gao / Jixin Wang / Zhangqiang Li / Jian Huang / Yan Wang / Zhifei Wang / Jiaofeng Chen / Xiao Fan / Weipeng Wang / Xueqin Jin / Xiaojing Pan / Yong Yu / Armando Lagrutta / Nieng Yan /
要旨: Drug-drug interaction of the antiviral sofosbuvir and the antiarrhythmics amiodarone has been reported to cause fatal heartbeat slowing. Sofosbuvir and its analog, MNI-1, were reported to potentiate ...Drug-drug interaction of the antiviral sofosbuvir and the antiarrhythmics amiodarone has been reported to cause fatal heartbeat slowing. Sofosbuvir and its analog, MNI-1, were reported to potentiate the inhibition of cardiomyocyte calcium handling by amiodarone, which functions as a multi-channel antagonist, and implicate its inhibitory effect on L-type Ca channels, but the molecular mechanism has remained unclear. Here we present systematic cryo-EM structural analysis of Ca1.1 and Ca1.3 treated with amiodarone or sofosbuvir alone, or sofosbuvir/MNI-1 combined with amiodarone. Whereas amiodarone alone occupies the dihydropyridine binding site, sofosbuvir is not found in the channel when applied on its own. In the presence of amiodarone, sofosbuvir/MNI-1 is anchored in the central cavity of the pore domain through specific interaction with amiodarone and directly obstructs the ion permeation path. Our study reveals the molecular basis for the physical, pharmacodynamic interaction of two drugs on the scaffold of Ca channels.
履歴
登録2022年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27908.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈calcium channel
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å		1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å		1.11 Å/pix.
x 280 pix.
= 311.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.114 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.09706731 - 0.14789793
平均 (標準偏差)-0.00006583555 (±0.0043735276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 311.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27908_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27908_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cav1.3

全体名称: Cav1.3
要素
  • 複合体: Cav1.3
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cav1.3

超分子名称: Cav1.3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 245.417734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMMMMMMKKM QHQRQQQADH ANEANYARGT RLPLSGEGPT SQPNSSKQTV LSWQAAIDAA RQAKAAQTMS TSAPPPVGSL SQRKRQQYA KSKKQGNSSN SRPARALFCL SLNNPIRRAC ISIVEWKPFD IFILLAIFAN CVALAIYIPF PEDDSNSTNH N LEKVEYAF ...文字列:
MMMMMMMKKM QHQRQQQADH ANEANYARGT RLPLSGEGPT SQPNSSKQTV LSWQAAIDAA RQAKAAQTMS TSAPPPVGSL SQRKRQQYA KSKKQGNSSN SRPARALFCL SLNNPIRRAC ISIVEWKPFD IFILLAIFAN CVALAIYIPF PEDDSNSTNH N LEKVEYAF LIIFTVETFL KIIAYGLLLH PNAYVRNGWN LLDFVIVIVG LFSVILEQLT KETEGGNHSS GKSGGFDVKA LR AFRVLRP LRLVSGVPSL QVVLNSIIKA MVPLLHIALL VLFVIIIYAI IGLELFIGKM HKTCFFADSD IVAEEDPAPC AFS GNGRQC TANGTECRSG WVGPNGGITN FDNFAFAMLT VFQCITMEGW TDVLYWMNDA MGFELPWVYF VSLVIFGSFF VLNL VLGVL SGEFSKEREK AKARGDFQKL REKQQLEEDL KGYLDWITQA EDIDPENEEE GGEEGKRNTS MPTSETESVN TENVS GEGE NRGCCGSLCQ AISKSKLSRR WRRWNRFNRR RCRAAVKSVT FYWLVIVLVF LNTLTISSEH YNQPDWLTQI QDIANK VLL ALFTCEMLVK MYSLGLQAYF VSLFNRFDCF VVCGGITETI LVELEIMSPL GISVFRCVRL LRIFKVTRHW TSLSNLV AS LLNSMKSIAS LLLLLFLFII IFSLLGMQLF GGKFNFDETQ TKRSTFDNFP QALLTVFQIL TGEDWNAVMY DGIMAYGG P SSSGMIVCIY FIILFICGNY ILLNVFLAIA VDNLADAESL NTAQKEEAEE KERKKIARKE SLENKKNNKP EVNQIANSD NKVTIDDYRE EDEDKDPYPP CDVPVGEEEE EEEEDEPEVP AGPRPRRISE LNMKEKIAPI PEGSAFFILS KTNPIRVGCH KLINHHIFT NLILVFIMLS SAALAAEDPI RSHSFRNTIL GYFDYAFTAI FTVEILLKMT TFGAFLHKGA FCRNYFNLLD M LVVGVSLV SFGIQSSAIS VVKILRVLRV LRPLRAINRA KGLKHVVQCV FVAIRTIGNI MIVTTLLQFM FACIGVQLFK GK FYRCTDE AKSNPEECRG LFILYKDGDV DSPVVRERIW QNSDFNFDNV LSAMMALFTV STFEGWPALL YKAIDSNGEN IGP IYNHRV EISIFFIIYI IIVAFFMMNI FVGFVIVTFQ EQGEKEYKNC ELDKNQRQCV EYALKARPLR RYIPKNPYQY KFWY VVNSS PFEYMMFVLI MLNTLCLAMQ HYEQSKMFND AMDILNMVFT GVFTVEMVLK VIAFKPKGYF SDAWNTFDSL IVIGS IIDV ALSEADPTES ENVPVPTATP GNSEESNRIS ITFFRLFRVM RLVKLLSRGE GIRTLLWTFI KSFQALPYVA LLIAML FFI YAVIGMQMFG KVAMRDNNQI NRNNNFQTFP QAVLLLFRCA TGEAWQEIML ACLPGKLCDP ESDYNPGEEY TCGSNFA IV YFISFYMLCA FLIINLFVAV IMDNFDYLTR DWSILGPHHL DEFKRIWSEY DPEAKGRIKH LDVVTLLRRI QPPLGFGK L CPHRVACKRL VAMNMPLNSD GTVMFNATLF ALVRTALKIK TEGNLEQANE ELRAVIKKIW KKTSMKLLDQ VVPPAGDDE VTVGKFYATF LIQDYFRKFK KRKEQGLVGK YPAKNTTIAL QAGLRTLHDI GPEIRRAISC DLQDDEPEET KREEEDDVFK RNGALLGNH VNHVNSDRRD SLQQTNTTHR PLHVQRPSIP PASDTEKPLF PPAGNSVCHN HHNHNSIGKQ VPTSTNANLN N ANMSKAAH GKRPSIGNLE HVSENGHHSS HKHDREPQRR SSVKRTRYYE TYIRSDSGDE QLPTICREDP EIHGYFRDPH CL GEQEYFS SEECYEDDSS PTWSRQNYGY YSRYPGRNID SERPRGYHHP QGFLEDDDSP VCYDSRRSPR RRLLPPTPAS HRR SSFNFE CLRRQSSQEE VPSSPIFPHR TALPLHLMQQ QIMAVAGLDS SKAQKYSPSH STRSWATPPA TPPYRDWTPC YTPL IQVEQ SEALDQVNGS LPSLHRSSWY TDEPDISYRT FTPASLTVPS SFRNKNSDKQ RSADSLVEAV LISEGLGRYA RDPKF VSAT KHEIADACDL TIDEMESAAS TLLNGNVRPR ANGDVGPLSH RQDYELQDFG PGYSDEEPDP GRDEEDLADE MICITT L

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1D

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分子 #2: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.692469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI ...文字列:
MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI PTDIYEGSTI VLNELNWTSA LDEVFKKNRE EDPSLLWQVF GSATGLARYY PASPWVDNSR TPNKIDLYDV RR RPWYIQG AASPKDMLIL VDVSGSVSGL TLKLIRTSVS EMLETLSDDD FVNVASFNSN AQDVSCFQHL VQANVRNKKV LKD AVNNIT AKGITDYKKG FSFAFEQLLN YNVSRANCNK IIMLFTDGGE ERAQEIFNKY NKDKKVRVFT FSVGQHNYDR GPIQ WMACE NKGYYYEIPS IGAIRINTQE YLDVLGRPMV LAGDKAKQVQ WTNVYLDALE LGLVITGTLP VFNITGQFEN KTNLK NQLI LGVMGVDVSL EDIKRLTPRF TLCPNGYYFA IDPNGYVLLH PNLQPKPIGV GIPTINLRKR RPNIQNPKSQ EPVTLD FLD AELENDIKVE IRNKMIDGES GEKTFRTLVK SQDERYIDKG NRTYTWTPVN GTDYSLALVL PTYSFYYIKA KLEETIT QA RYSETLKPDN FEESGYTFIA PRDYCNDLKI SDNNTEFLLN FNEFIDRKTP NNPSCNADLI NRVLLDAGFT NELVQNYW S KQKNIKGVKA RFVVTDGGIT RVYPKEAGEN WQENPETYED SFYKRSLDND NYVFTAPYFN KSGPGAYESG IMVSKAVEI YIQGKLLKPA VVGIKIDVNS WIENFTKTSI RDPCAGPVCD CKRNSDVMDC VILDDGGFLL MANHDDYTNQ IGRFFGEIDP SLMRHLVNI SVYAFNKSYD YQSVCEPGAA PKQGAGHRSA YVPSVADILQ IGWWATAAAW SILQQFLLSL TFPRLLEAVE M EDDDFTAS LSKQSCITEQ TQYFFDNDSK SFSGVLDCGN CSRIFHGEKL MNTNLIFIMV ESKGTCPCDT RLLIQAEQTS DG PNPCDMV KQPRYRKGPD VCFDNNVLED YTDCGGVSGL NPSLWYIIGI QFLLLWLVSG STHRLL

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

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分子 #3: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.607852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYDDSYVPGF EDSEAGSADS YTSRPSLDSD VSLEEDRESA RREVESQAQQ QLERAKHKPV AFAVRTNVSY CGVLDEECPV QGSGVNFEA KDFLHIKEKY SNDWWIGRLV KEGGDIAFIP SPQRLESIRL KQEQKARRSG NPSSLSDIGN RRSPPPSLAK Q KQKQAEHV ...文字列:
MYDDSYVPGF EDSEAGSADS YTSRPSLDSD VSLEEDRESA RREVESQAQQ QLERAKHKPV AFAVRTNVSY CGVLDEECPV QGSGVNFEA KDFLHIKEKY SNDWWIGRLV KEGGDIAFIP SPQRLESIRL KQEQKARRSG NPSSLSDIGN RRSPPPSLAK Q KQKQAEHV PPYDVVPSMR PVVLVGPSLK GYEVTDMMQK ALFDFLKHRF DGRISITRVT ADLSLAKRSV LNNPGKRTII ER SSARSSI AEVQSEIERI FELAKSLQLV VLDADTINHP AQLAKTSLAP IIVFVKVSSP KVLQRLIRSR GKSQMKHLTV QMM AYDKLV QCPPESFDVI LDENQLEDAC EHLAEYLEVY WRATHHPAPG PGLLGPPSAI PGLQNQQLLG ERGEEHSPLE RDSL MPSDE ASESSRQAWT GSSQRSSRHL EEDYADAYQD LYQPHRQHTS GLPSANGHDP QDRLLAQDSE HNHSDRNWQR NRPWP KDSY

UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73092
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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