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- EMDB-27006: Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in an outward f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27006
タイトルHuman excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in an outward facing sodium-bound state
マップデータhuman Excitatory amino acid transporter3 at outward facing (OFS) sodium bound state
試料
  • 複合体: Human EAAT3 in 300mM NaCl
    • 複合体: Human EAAT3 in 300mM NaCl
      • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 3
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / L-cysteine transport / L-cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / L-cysteine transport / L-cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / L-glutamate import / response to decreased oxygen levels / : / cellular response to mercury ion / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / righting reflex / cellular response to ammonium ion / D-aspartate import across plasma membrane / zinc ion transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-aspartate import across plasma membrane / cellular response to bisphenol A / grooming behavior / L-glutamate import across plasma membrane / proximal dendrite / monoatomic anion channel activity / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / transepithelial transport / blood vessel morphogenesis / chloride transmembrane transporter activity / cellular response to cocaine / motor neuron apoptotic process / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / response to anesthetic / superoxide metabolic process / glutamate receptor signaling pathway / response to morphine / perisynaptic space / neurotransmitter transport / heart contraction / maintenance of blood-brain barrier / dopamine metabolic process / motor behavior / adult behavior / asymmetric synapse / conditioned place preference / glial cell projection / response to axon injury / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of heart rate / transport across blood-brain barrier / behavioral fear response / synaptic cleft / monoatomic ion transport / neurogenesis / axon terminus / chloride transmembrane transport / dendritic shaft / response to amphetamine / cell periphery / locomotory behavior / brain development / synapse organization / recycling endosome / Schaffer collateral - CA1 synapse / recycling endosome membrane / cytokine-mediated signaling pathway / memory / apical part of cell / long-term synaptic potentiation / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / gene expression / dendritic spine / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / perikaryon / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Qiu B / Boudker O
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R37NS085318 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Symport and antiport mechanisms of human glutamate transporters.
著者: Biao Qiu / Olga Boudker /
要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and ...Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and countertransporting a potassium ion via an elevator mechanism. Despite the availability of structures, the symport and antiport mechanisms still need to be clarified. We report high-resolution cryo-EM structures of human EAAT3 bound to the neurotransmitter glutamate with symported ions, potassium ions, sodium ions alone, or without ligands. We show that an evolutionarily conserved occluded translocation intermediate has a dramatically higher affinity for the neurotransmitter and the countertransported potassium ion than outward- or inward-facing transporters and plays a crucial role in ion coupling. We propose a comprehensive ion coupling mechanism involving a choreographed interplay between bound solutes, conformations of conserved amino acid motifs, and movements of the gating hairpin and the substrate-binding domain.
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27006.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human Excitatory amino acid transporter3 at outward facing (OFS) sodium bound state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255.6 Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255.6 Å		0.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 255.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.852 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.58
最小 - 最大-3.315239 - 5.149137
平均 (標準偏差)0.010495041 (±0.11059619)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 255.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27006_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_27006_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human EAAT3 in 300mM NaCl

全体名称: Human EAAT3 in 300mM NaCl
要素
  • 複合体: Human EAAT3 in 300mM NaCl
    • 複合体: Human EAAT3 in 300mM NaCl
      • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 3
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: Human EAAT3 in 300mM NaCl

超分子名称: Human EAAT3 in 300mM NaCl / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human EAAT3 in 300mM NaCl

超分子名称: Human EAAT3 in 300mM NaCl / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Excitatory amino acid transporter 3

分子名称: Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.120863 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR ...文字列:
GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR EEVKPPSDPE MTMTEESFTA VMTTAISKTK TKEYKIVGMY SDGINVLGLI VFALVFGLVI GKMGEKGQIL VD FFNALSD ATMKIVQIIM WYMPLGILFL IAGCIIEVED WEIFRKLGLY MATVLTGLAI HSIVILPLIY FIVVRKNPFR FAM GMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQVDKRI TRFVLPVGAT INMDGTALYE AVAAVFIAQL NDLDLGIGQI ITIS ITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMVIVL SAVGLPAEDV TLIIAVDCLL DRFRTMVNVL GDAFGTGIVE KLSKKELEQM DVSSE VNIV NPFALESTIL DNEDSDTKKS YVNGGFAVDK SDTISFTQTS QF

UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 3

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHepes
300.0 mMNaClSodium Chloride
0.086 mMC56H92O25Digitonin glyco diosgenin

詳細: Tris was used for adjusting pH
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3s.
詳細the sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 57.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2949270
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 519857
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6x2z

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6x2l

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8cv2:
Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in an outward facing sodium-bound state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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