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- EMDB-25886: Full-length human E-cadherin bound to activating Fab 59D2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25886
タイトルFull-length human E-cadherin bound to activating Fab 59D2
マップデータcisTEM generate3D full map
試料
  • 複合体: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 59D2
    • 複合体: Full length E-cadherin with Twin-Strep tag
      • タンパク質・ペプチド: E-cadherin (CDH1) with C-terminal Twin-Strep tag
    • 複合体: Activating antibody fragment 59D2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Activating antibody fragment 59D2 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Activating antibody fragment 59D2 Fab light chain
キーワードE-cadherin / Fab / CDH1 / functional antibody / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / desmosome / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion mediated by cadherin / cellular response to indole-3-methanol / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex ...response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / desmosome / negative regulation of axon extension / cell-cell adhesion mediated by cadherin / cellular response to indole-3-methanol / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex / Formation of definitive endoderm / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / catenin complex / Adherens junctions interactions / GTPase activating protein binding / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / apical junction complex / ankyrin binding / cellular response to lithium ion / negative regulation of cell-cell adhesion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / lateral plasma membrane / RHO GTPases activate IQGAPs / Integrin cell surface interactions / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cell adhesion molecule binding / synapse assembly / Degradation of the extracellular matrix / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of cell migration / protein localization to plasma membrane / adherens junction / trans-Golgi network / cell morphogenesis / cell-cell adhesion / beta-catenin binding / response to toxic substance / positive regulation of protein import into nucleus / cytoplasmic side of plasma membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neuron projection development / cell migration / actin cytoskeleton / cell junction / lamellipodium / regulation of gene expression / postsynapse / endosome / cadherin binding / response to xenobiotic stimulus / glutamatergic synapse / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.11 Å
データ登録者Maker A / Gumbiner BM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122467 米国
引用ジャーナル: Protein Expr Purif / 年: 2022
タイトル: Reconstitution of the full transmembrane cadherin-catenin complex.
著者: Allison Maker / Barry M Gumbiner /
要旨: The dynamic regulation of epithelial adherens junctions relies on all components of the E-cadherin-catenin complex. Previously, the complexes have been partially reconstituted and composed only of α- ...The dynamic regulation of epithelial adherens junctions relies on all components of the E-cadherin-catenin complex. Previously, the complexes have been partially reconstituted and composed only of α-catenin, β-catenin, and the E-cadherin cytoplasmic domain. However, p120-catenin and the full-length E-cadherin including the extracellular, transmembrane, and intra-cellular domains are vital to the understanding of the relationship between extracellular adhesion and intracellular signaling. Here, we reconstitute the complete and full-length cadherin-catenin complex, including full-length E-cadherin, α-catenin, β-catenin, and p120-catenin, into nanodiscs. We are able to observe the cadherin in nanodiscs by cryo-EM. We also reconstitute α-catenin, β-catenin, and p120-catenin with the E-cadherin cytoplasmic tail alone in order to analyze the affinities of their binding interactions. We find that p120-catenin does not associate strongly with α- or β-catenin and binds much more transiently to the cadherin cytoplasmic tail than does β-catenin. Overall, this work creates many new possibilities for biochemical studies understanding transmembrane signaling of cadherins and the role of p120-catenin in adhesion activation.
履歴
登録2022年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月19日-
マップ公開2022年1月19日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25886.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cisTEM generate3D full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.68 Å/pix.
x 320 pix.
= 537.6 Å		1.68 Å/pix.
x 320 pix.
= 537.6 Å		1.68 Å/pix.
x 320 pix.
= 537.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.65 / ムービー #1: 5.65
最小 - 最大-8.632336 - 15.715873
平均 (標準偏差)-0.002000301 (±0.25059876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 537.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.681.681.68
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z537.600537.600537.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-8.63215.716-0.002

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添付データ

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ハーフマップ: cisTEM generate3D half map 2

ファイルemd_25886_half_map_1.map
注釈cisTEM generate3D half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cisTEM generate3D half map 1

ファイルemd_25886_half_map_2.map
注釈cisTEM generate3D half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 59D2

全体名称: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 59D2
要素
  • 複合体: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 59D2
    • 複合体: Full length E-cadherin with Twin-Strep tag
      • タンパク質・ペプチド: E-cadherin (CDH1) with C-terminal Twin-Strep tag
    • 複合体: Activating antibody fragment 59D2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: Activating antibody fragment 59D2 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Activating antibody fragment 59D2 Fab light chain

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超分子 #1: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 59D2

超分子名称: Complex of human E-cadherin monomer with activating Fab 59D2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Cadherin was embedded in MSP1D1 nanodisc not visible in final map.
分子量理論値: 130 KDa

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超分子 #2: Full length E-cadherin with Twin-Strep tag

超分子名称: Full length E-cadherin with Twin-Strep tag / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80 KDa

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超分子 #3: Activating antibody fragment 59D2 Fab

超分子名称: Activating antibody fragment 59D2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: His tagged recombinant Fab fragment
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 50 KDa

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分子 #1: E-cadherin (CDH1) with C-terminal Twin-Strep tag

分子名称: E-cadherin (CDH1) with C-terminal Twin-Strep tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DWVIPPISCP ENEKGPFPKN LVQIKSNKDK EGKVFYSITG QGADTPPVGV FIIERETGWL KVTEPLDRER IATYTLFSHA VSSNGNAVED PMEILITVTD QNDNKPEFTQ EVFKGSVMEG ALPGTSVMEV TATDADDDVN TYNAAIAYTI LSQDPELPDK NMFTINRNTG ...文字列:
DWVIPPISCP ENEKGPFPKN LVQIKSNKDK EGKVFYSITG QGADTPPVGV FIIERETGWL KVTEPLDRER IATYTLFSHA VSSNGNAVED PMEILITVTD QNDNKPEFTQ EVFKGSVMEG ALPGTSVMEV TATDADDDVN TYNAAIAYTI LSQDPELPDK NMFTINRNTG VISVVTTGLD RESFPTYTLV VQAADLQGEG LSTTATAVIT VTDTNDNPPI FNPTTYKGQV PENEANVVIT TLKVTDADAP NTPAWEAVYT ILNDDGGQFV VTTNPVNNDG ILKTAKGLDF EAKQQYILHV AVTNVVPFEV SLTTSTATVT VDVLDVNEAP IFVPPEKRVE VSEDFGVGQE ITSYTAQEPD TFMEQKITYR IWRDTANWLE INPDTGAIST RAELDREDFE HVKNSTYTAL IIATDNGSPV ATGTGTLLLI LSDVNDNAPI PEPRTIFFCE RNPKPQVINI IDADLPPNTS PFTAELTHGA SANWTIQYND PTQESIILKP KMALEVGDYK INLKLMDNQN KDQVTTLEVS VCDCEGAAGV CRKAQPVEAG LQIPAILGIL GGILALLILI LLLLLFLRRR AVVKEPLLPP EDDTRDNVYY YDEEGGGEED QDFDLSQLHR GLDARPEVTR NDVAPTLMSV PRYLPRPANP DEIGNFIDEN LKAADTDPTA PPYDSLLVFD YEGSGSEAAS LSSLNSSESD KDQDYDYLNE WGNRFKKLAD MYGGGEDHSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEK

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分子 #2: Activating antibody fragment 59D2 Fab heavy chain

分子名称: Activating antibody fragment 59D2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLQQSGADL VKPGASVKLS CTASGFNIKV TYMHWMIQRP DQGLDWIGRI DPANGYSDYD PKLRGKATIT ADTSSNTVYL QLSSLTSEDT AVYYCATGFF GNYAYWGQGT TLTVSSAKTT PPSVYPLAPG SAAQTNSMVT LGCLVKGYFP ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLQQSGADL VKPGASVKLS CTASGFNIKV TYMHWMIQRP DQGLDWIGRI DPANGYSDYD PKLRGKATIT ADTSSNTVYL QLSSLTSEDT AVYYCATGFF GNYAYWGQGT TLTVSSAKTT PPSVYPLAPG SAAQTNSMVT LGCLVKGYFP EPVTVTWNSG SLSSGVHTFP AVLQSDLYTL SSSVTVPSSP RPSETVTCNV AHPASSTKVD KKIVPRDCHH HHHH

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分子 #3: Activating antibody fragment 59D2 Fab light chain

分子名称: Activating antibody fragment 59D2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MKLPVRLLVL MFWIPASTSD VVMTQTPLSL PVSLGDQASI SCRSSQSLVH TNGNTYLHWY LQKPGQSPKL LIFKVSNRFS GVPDSFSGSG SGTDFTLKIS RVEAEDLGVY FCSQSTHVPH TFGGGTKLEI KRADAAPTVS IFPPSSEQLT SGGASVVCFL NNFYPKDINV ...文字列:
MKLPVRLLVL MFWIPASTSD VVMTQTPLSL PVSLGDQASI SCRSSQSLVH TNGNTYLHWY LQKPGQSPKL LIFKVSNRFS GVPDSFSGSG SGTDFTLKIS RVEAEDLGVY FCSQSTHVPH TFGGGTKLEI KRADAAPTVS IFPPSSEQLT SGGASVVCFL NNFYPKDINV KWKIDGSERQ NGVLNSWTDQ DSKDSTYSMS STLTLTKDEY ERHNSYTCEA THKTSTSPIV KSFNRNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.10 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMCaCl2calcium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Nanodiscs averaged out in final reconstruction.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1077980 / 詳細: template picking
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: De novo model created in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0) / 使用した粒子像数: 331400
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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