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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25437 | |||||||||
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タイトル | Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from Pyrococcus furiosus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DPS-like protein / METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / nucleoid / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Gauvin CC / Waghwani HK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from Pyrococcus furiosus 著者: Ramsay B / Wiedenheft B / Allen M / Gauss GH / Lawrence CM / Young M / Douglas T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25437.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25437-v30.xml emd-25437.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25437_fsc.xml | 10.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25437.png | 142.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25437.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_25437_half_map_1.map.gz emd_25437_half_map_2.map.gz | 2.4 MB 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25437 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.152 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_25437_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_25437_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dodecameric assembly of DPS-like protein
全体 | 名称: Dodecameric assembly of DPS-like protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Dodecameric assembly of DPS-like protein
超分子 | 名称: Dodecameric assembly of DPS-like protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌) |
分子量 | 理論値: 256.32 KDa |
-分子 #1: DNA protection during starvation protein
分子 | 名称: DNA protection during starvation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO EC番号: 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する |
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由来(天然) | 生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 |
分子量 | 理論値: 21.387254 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPEHNRRLVE RTGIDVEKLL ELLIKAAAAE FTTYYYYTIL RNHATGLEGE AIKEIIEDAR LEDRNHFEAL VPRIYELGGE LPRDIREFA DLASCRDAYL PEEPTIENIL KVLLEAERCA VGVYTEICNY TFGKDPRTYD LALAILHEEI EHEAWFEELL T GKPSGHFR RGKPGESPYV SKFLKTR UniProtKB: DNA protection during starvation protein |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: FE (III) ION
分子 | 名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: FE |
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分子量 | 理論値: 55.845 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 257 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 5 Blot time 4. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 100.0 K |
詳細 | Beam tilt was performed with a 3x3 matrix with corners omitted. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1574 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 / 詳細: Images were dose-fractionated to have 50 frames |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.62 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Workflow involved generating a homology model from 2CLB structure from S. solfataricus with the Pf sequence, using Swiss Model. Then, that homology model was fit to the map density initially in Chimera using fitmap. After that, it was initially refined with rigid body real-space refinement in Phenix, tuned in coot, and subsequently finished refining with flexible fitting and enforced tetrahedral symmetry. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-7stw: |