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- EMDB-25380: Cryo-EM structure of mouse temsirolimus/PI(3,5)P2-bound TRPML1 ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25380
タイトルCryo-EM structure of mouse temsirolimus/PI(3,5)P2-bound TRPML1 channel at 2.11 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse Transient receptor potential-mucolipin 1 apo closed state
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate
  • リガンド: (1R,2R,4S)-4-{(2R)-2-[(3S,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30S,34aS)-9,27-dihydroxy-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-1,5,11,28,29-pentaoxo-1,4,5,6,9,10,11,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,28,29,31,32,33,34,34a-tetracosahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontin-3-yl]propyl}-2-methoxycyclohexyl 3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-2-methylpropanoate
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transferrin endocytosis and recycling / calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity ...Transferrin endocytosis and recycling / calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / endosomal transport / intracellular vesicle / monoatomic cation transmembrane transport / phagocytic cup / autophagosome maturation / potassium channel activity / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / lysosome / receptor complex / lysosomal membrane / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Gan N / Han Y
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140892 米国
Welch FoundationI-1578 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of allosteric activation of TRPML1 by PI(3,5)P and rapamycin.
著者: Ninghai Gan / Yan Han / Weizhong Zeng / Yan Wang / Jing Xue / Youxing Jiang /
要旨: Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a Ca-permeable, nonselective cation channel ubiquitously expressed in the endolysosomes of mammalian cells and its loss-of-function mutations are ...Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a Ca-permeable, nonselective cation channel ubiquitously expressed in the endolysosomes of mammalian cells and its loss-of-function mutations are the direct cause of type IV mucolipidosis (MLIV), an autosomal recessive lysosomal storage disease. TRPML1 is a ligand-gated channel that can be activated by phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate [PI(3,5)P] as well as some synthetic small-molecule agonists. Recently, rapamycin has also been shown to directly bind and activate TRPML1. Interestingly, both PI(3,5)P and rapamycin have low efficacy in channel activation individually but together they work cooperatively and activate the channel with high potency. To reveal the structural basis underlying the synergistic activation of TRPML1 by PI(3,5)P and rapamycin, we determined the high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the mouse TRPML1 channel in various states, including apo closed, PI(3,5)P-bound closed, and PI(3,5)P/temsirolimus (a rapamycin analog)-bound open states. These structures, combined with electrophysiology, elucidate the molecular details of ligand binding and provide structural insight into how the TRPML1 channel integrates two distantly bound ligand stimuli and facilitates channel opening.
履歴
登録2021年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7sq9
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_25380.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25380.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.095825374 - 0.18976898
平均 (標準偏差)0.00032917858 (±0.006964225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z239.040239.040239.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0960.1900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse Transient receptor potential-mucolipin 1 apo closed state

全体名称: Mouse Transient receptor potential-mucolipin 1 apo closed state
要素
  • 複合体: Mouse Transient receptor potential-mucolipin 1 apo closed state
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate
  • リガンド: (1R,2R,4S)-4-{(2R)-2-[(3S,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30S,34aS)-9,27-dihydroxy-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-1,5,11,28,29-pentaoxo-1,4,5,6,9,10,11,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,28,29,31,32,33,34,34a-tetracosahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontin-3-yl]propyl}-2-methoxycyclohexyl 3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-2-methylpropanoate
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Mouse Transient receptor potential-mucolipin 1 apo closed state

超分子名称: Mouse Transient receptor potential-mucolipin 1 apo closed state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Mucolipin-1

分子名称: Mucolipin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.573617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATPAGRRAS ETERLLTPNP GYGTQVGTSP APTTPTEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL VVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGSDDTFAA YTQEQLYQAI FYAVDQYLIL PEISLGRYAY VRGGGGPWAN G SALALCQR ...文字列:
MATPAGRRAS ETERLLTPNP GYGTQVGTSP APTTPTEEED LRRRLKYFFM SPCDKFRAKG RKPCKLMLQV VKILVVTVQL ILFGLSNQL VVTFREENTI AFRHLFLLGY SDGSDDTFAA YTQEQLYQAI FYAVDQYLIL PEISLGRYAY VRGGGGPWAN G SALALCQR YYHRGHVDPA NDTFDIDPRV VTDCIQVDPP DRPPDIPSED LDFLDGSASY KNLTLKFHKL INVTIHFQLK TI NLQSLIN NEIPDCYTFS ILITFDNKAH SGRIPIRLET KTHIQECKHP SVSRHGDNSF RLLFDVVVIL TCSLSFLLCA RSL LRGFLL QNEFVVFMWR RRGREISLWE RLEFVNGWYI LLVTSDVLTI SGTVMKIGIE AKNLASYDVC SILLGTSTLL VWVG VIRYL TFFHKYNILI ATLRVALPSV MRFCCCVAVI YLGYCFCGWI VLGPYHVKFR SLSMVSECLF SLINGDDMFV TFAAM QAQQ GHSSLVWLFS QLYLYSFISL FIYMVLSLFI ALITGAYDTI KHPGGTGTEK SELQAYIEQC QDSPTSGKFR RGSGSA CSL FCCCGRDSPE DHSLLVN

UniProtKB: Mucolipin-1

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分子 #3: (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bi...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: EUJ
分子量理論値: 746.566 Da
Chemical component information

ChemComp-EUJ:
(2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,4,6-trihydroxy-3,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate / L-myo-イノシト-ル1,3,5-トリスりん酸3-[(2R)-2,3-ビス(オクタノイルオキシ)プロピル]

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分子 #4: (1R,2R,4S)-4-{(2R)-2-[(3S,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23...

分子名称: (1R,2R,4S)-4-{(2R)-2-[(3S,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30S,34aS)-9,27-dihydroxy-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-1,5,11,28,29-pentaoxo- ...名称: (1R,2R,4S)-4-{(2R)-2-[(3S,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30S,34aS)-9,27-dihydroxy-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-1,5,11,28,29-pentaoxo-1,4,5,6,9,10,11,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,28,29,31,32,33,34,34a-tetracosahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontin-3-yl]propyl}-2-methoxycyclohexyl 3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-2-methylpropanoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: A4I
分子量理論値: 1.030287 KDa
Chemical component information

ChemComp-A4I:
(1R,2R,4S)-4-{(2R)-2-[(3S,6R,7E,9R,10R,12R,14S,15E,17E,19E,21S,23S,26R,27R,30S,34aS)-9,27-dihydroxy-10,21-dimethoxy-6,8,12,14,20,26-hexamethyl-1,5,11,28,29-pentaoxo-1,4,5,6,9,10,11,12,13,14,21,22,23,24,25,26,27,28,29,31,32,33,34,34a-tetracosahydro-3H-23,27-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclohentriacontin-3-yl]propyl}-2-methoxycyclohexyl 3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-2-methylpropanoate

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 16 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142902
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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