+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22371 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of RIG-I:dsRNA filament in complex with RIPLET PrySpry domain (trimer) | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Innate immunity / E3 ligase / helicase / antiviral signaling / RLR / dsRNA sensor / HYDROLASE-TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RIG-I binding / free ubiquitin chain polymerization / regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production ...RIG-I binding / free ubiquitin chain polymerization / regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / RSV-host interactions / regulation of innate immune response / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / bicellular tight junction / positive regulation of interferon-alpha production / ribonucleoprotein complex binding / regulation of cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / protein homooligomerization / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / cytoplasmic stress granule / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / actin cytoskeleton / TRAF3-dependent IRF activation pathway / gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
![]() | Kato K / Ahmad S | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of RIG-I-like receptors reveals ancient rules of engagement between diverse RNA helicases and TRIM ubiquitin ligases. 著者: Kazuki Kato / Sadeem Ahmad / Zixiang Zhu / Janet M Young / Xin Mu / Sehoon Park / Harmit S Malik / Sun Hur / ![]() ![]() 要旨: RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved ...RNA helicases and E3 ubiquitin ligases mediate many critical functions in cells, but their actions have largely been studied in distinct biological contexts. Here, we uncover evolutionarily conserved rules of engagement between RNA helicases and tripartite motif (TRIM) E3 ligases that lead to their functional coordination in vertebrate innate immunity. Using cryoelectron microscopy and biochemistry, we show that RIG-I-like receptors (RLRs), viral RNA receptors with helicase domains, interact with their cognate TRIM/TRIM-like E3 ligases through similar epitopes in the helicase domains. Their interactions are avidity driven, restricting the actions of TRIM/TRIM-like proteins and consequent immune activation to RLR multimers. Mass spectrometry and phylogeny-guided biochemical analyses further reveal that similar rules of engagement may apply to diverse RNA helicases and TRIM/TRIM-like proteins. Our analyses suggest not only conserved substrates for TRIM proteins but also, unexpectedly, deep evolutionary connections between TRIM proteins and RNA helicases, linking ubiquitin and RNA biology throughout animal evolution. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 8.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 220.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 354.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 354.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04203 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of dsRNA-bound RIG-I filament with RIPLET PrySpry...
全体 | 名称: Ternary complex of dsRNA-bound RIG-I filament with RIPLET PrySpry domain |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ternary complex of dsRNA-bound RIG-I filament with RIPLET PrySpry...
超分子 | 名称: Ternary complex of dsRNA-bound RIG-I filament with RIPLET PrySpry domain タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Antiviral innate immune response receptor RIG-I
分子 | 名称: Antiviral innate immune response receptor RIG-I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 82.72407 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: METSDIQIFY QEDPECQNLS ENSCPPSEVS DTNLYSPFKP RNYQLELALP AMKGKNTIIC APTGCGKTFV SLLICEHHLK KFPQGQKGK VVFFANQIPV YEQQKSVFSK YFERHGYRVT GISGATAENV PVEQIVENND IIILTPQILV NNLKKGTIPS L SIFTLMIF ...文字列: METSDIQIFY QEDPECQNLS ENSCPPSEVS DTNLYSPFKP RNYQLELALP AMKGKNTIIC APTGCGKTFV SLLICEHHLK KFPQGQKGK VVFFANQIPV YEQQKSVFSK YFERHGYRVT GISGATAENV PVEQIVENND IIILTPQILV NNLKKGTIPS L SIFTLMIF DECHNTSKQH PYNMIMFNYL DQKLGGSSGP LPQVIGLTAS VGVGDAKNTD EALDYICKLC ASLDASVIAT VK HNLEELE QVVYKPQKFF RKVESRISDK FKYIIAQLMR DTESLAKRIC KDLENLSQIQ NREFGTQKYE QWIVTVQKAC MVF QMPDKD EESRICKALF LYTSHLRKYN DALIISEHAR MKDALDYLKD FFSNVRAAGF DEIEQDLTQR FEEKLQELES VSRD PSNEN PKLEDLCFIL QEEYHLNPET ITILFVKTRA LVDALKNWIE GNPKLSFLKP GILTGRGKTN QNTGMTLPAQ KCILD AFKA SGDHNILIAT SVADEGIDIA QCNLVILYEY VGNVIKMIQT RGRGRARGSK CFLLTSNAGV IEKEQINMYK EKMMND SIL RLQTWDEAVF REKILHIQTH EKFIRDSQEK PKPVPDKENK KLLCRKCKAL ACYTADVRVI EECHYTVLGD AFKECFV SR PHPKPKQFSS FEKRAKIFCA RQNCSHDWGI HVKYKTFEIP VIKIESFVVE DIATGVQTLY SKWKDFHFEK IPFDPAEM S K UniProtKB: Antiviral innate immune response receptor RIG-I |
-分子 #2: E3 ubiquitin-protein ligase RNF135
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase RNF135 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 21.021904 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: RRASRFAQWA IHPTFNLKSL SCSLEVSKDS RTVTVSHRPQ PYRWSCERFS TSQVLCSQAL SSGKHYWEVD TRNCSHWAVG VASWEMSRD QVLGRTMDSC CVEWKGTSQL SAWHMVKETV LGSDRPGVVG IWLNLEEGKL AFYSVDNQEK LLYECTISAS S PLYPAFWL YGLHPGNYLI IKQVKV UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RNF135 |
-分子 #3: dsRNA strand1
分子 | 名称: dsRNA strand1 / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.550107 KDa |
配列 | 文字列: GACUGACUGA CUGAGACUGA CUGACUGAGA CUGACUGACU GA |
-分子 #4: dsRNA strand 2
分子 | 名称: dsRNA strand 2 / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.360916 KDa |
配列 | 文字列: UCAGUCAGUC AGUCUCAGUC AGUCAGUCUC AGUCAGUCAG UC |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #6: TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子 | 名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ALF |
---|---|
分子量 | 理論値: 102.975 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ALF: |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #8: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 19.424 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 46.2706 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 76.1005 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39718 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |