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万見
- EMDB-21654: Focused asymmetric reconstruction of the hexameric icosahedral 2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21654
タイトルFocused asymmetric reconstruction of the hexameric icosahedral 2-fold region of a Heptatis B virus T=4 capsid in complex with the antiviral DBT1
マップデータThe sample is a Hepatitis B virus capsid in complex with and antiviral molecule. This map is a focused asymmetric reconstruction of a hexamer of subunits, which surround an icosahedral 2-fold axis.
試料
  • ウイルス: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
生物種Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Schlicksup C / Wang JC / Zlotnick A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI067417 米国
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Local Stabilization of Subunit-Subunit Contacts Causes Global Destabilization of Hepatitis B Virus Capsids.
著者: Christopher John Schlicksup / Patrick Laughlin / Steven Dunkelbarger / Joseph Che-Yen Wang / Adam Zlotnick /
要旨: Development of antiviral molecules that bind virion is a strategy that remains in its infancy, and the details of their mechanisms are poorly understood. Here we investigate the behavior of DBT1, a ...Development of antiviral molecules that bind virion is a strategy that remains in its infancy, and the details of their mechanisms are poorly understood. Here we investigate the behavior of DBT1, a dibenzothiazepine that specifically interacts with the capsid protein of hepatitis B virus (HBV). We found that DBT1 stabilizes protein-protein interaction, accelerates capsid assembly, and can induce formation of aberrant particles. Paradoxically, DBT1 can cause preformed capsids to dissociate. These activities may lead to (i) assembly of empty and defective capsids, inhibiting formation of new virus, and (ii) disruption of mature viruses, which are metastable, to inhibit new infection. Using cryo-electron microscopy, we observed that DBT1 led to asymmetric capsids where well-defined DBT1 density was bound at all intersubunit contacts. These results suggest that DBT1 can support assembly by increasing buried surface area but induce disassembly of metastable capsids by favoring asymmetry to induce structural defects.
履歴
登録2020年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2020年7月1日-
現状2020年7月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0102
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21654.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The sample is a Hepatitis B virus capsid in complex with and antiviral molecule. This map is a focused asymmetric reconstruction of a hexamer of subunits, which surround an icosahedral 2-fold axis.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 240 pix.
= 156. Å		0.65 Å/pix.
x 240 pix.
= 156. Å		0.65 Å/pix.
x 240 pix.
= 156. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0102 / ムービー #1: 0.0102
最小 - 最大-0.02774516 - 0.042049635
平均 (標準偏差)0.0001544512 (±0.0020485334)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 156.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.650.650.65
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z156.000156.000156.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0280.0420.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21654_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus genotype D subtype adw

全体名称: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)

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超分子 #1: Hepatitis B virus genotype D subtype adw

超分子名称: Hepatitis B virus genotype D subtype adw / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10419 / 生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw / Sci species strain: isolate United Kingdom/adyw/1979 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClSodium Chloride
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 679 / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 24823
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: A spherical volume with a diameter of 35 nm
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Automated B-factor Sharpening
詳細: The particle number represents symmetry expanded subparticles, generated using "relion_symmetry_expand" following an icosahedral reconstruction.
使用した粒子像数: 392736
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6bvf


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-143
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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