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- EMDB-17802: K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17802
タイトルK48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase and Cdc34: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-FBXW7 with trapped UBE2R2-donor UB-acceptor UB-cyclin E peptide
マップデータDeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-FBXW7 with trapped UBE2R2~donor UB~acceptor UB-cyclin E peptide
キーワードUbiquitin / Ubiquitin chain / poly-ubiquitination / CUL1 / UBE2R2 / CDC34 / Skp1 / FBW7 / K48-linked / polyubiquitination cullin / CRL / cullin-RING ligase / E3 / UBE2R / LIGASE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.12 Å
データ登録者Liwocha J / Prabu JR / Kleiger G / Schulman BA
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Mechanism of millisecond Lys48-linked poly-ubiquitin chain formation by cullin-RING ligases.
著者: Joanna Liwocha / Jerry Li / Nicholas Purser / Chutima Rattanasopa / Samuel Maiwald / David T Krist / Daniel C Scott / Barbara Steigenberger / J Rajan Prabu / Brenda A Schulman / Gary Kleiger /
要旨: E3 ubiquitin ligases, in collaboration with E2 ubiquitin-conjugating enzymes, modify proteins with poly-ubiquitin chains. Cullin-RING ligase (CRL) E3s use Cdc34/UBE2R-family E2s to build Lys48-linked ...E3 ubiquitin ligases, in collaboration with E2 ubiquitin-conjugating enzymes, modify proteins with poly-ubiquitin chains. Cullin-RING ligase (CRL) E3s use Cdc34/UBE2R-family E2s to build Lys48-linked poly-ubiquitin chains to control an enormous swath of eukaryotic biology. Yet the molecular mechanisms underlying this exceptional linkage specificity and millisecond kinetics of poly-ubiquitylation remain unclear. Here we obtain cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) structures that provide pertinent insight into how such poly-ubiquitin chains are forged. The CRL RING domain not only activates the E2-bound ubiquitin but also shapes the conformation of a distinctive UBE2R2 loop, positioning both the ubiquitin to be transferred and the substrate-linked acceptor ubiquitin within the active site. The structures also reveal how the ubiquitin-like protein NEDD8 uniquely activates CRLs during chain formation. NEDD8 releases the RING domain from the CRL, but unlike previous CRL-E2 structures, does not contact UBE2R2. These findings suggest how poly-ubiquitylation may be accomplished by many E2s and E3s.
履歴
登録2023年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17802.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.89 Å/pix.
x 168 pix.
= 316.68 Å		1.89 Å/pix.
x 168 pix.
= 316.68 Å		1.89 Å/pix.
x 168 pix.
= 316.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.885 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0244
最小 - 最大-0.0016835383 - 1.8621783
平均 (標準偏差)0.0017032401 (±0.027900713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 316.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17802_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion PostProcessed Map

ファイルemd_17802_additional_1.map
注釈Relion PostProcessed Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17802_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17802_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase...

全体名称: K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-FBXW7 with trapped UBE2R2~donor UB~acceptor UB-cyclin E peptide
要素
  • 複合体: K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-FBXW7 with trapped UBE2R2~donor UB~acceptor UB-cyclin E peptide

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超分子 #1: K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase...

超分子名称: K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-FBXW7 with trapped UBE2R2~donor UB~acceptor UB-cyclin E peptide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 220 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10585

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65467
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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