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- EMDB-16460: Cryo-EM Map of the latTGF-beta 28G11 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16460
タイトルCryo-EM Map of the latTGF-beta 28G11 Fab complex
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: latTGF-beta in complex with Fab 28G11
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1TGF-β
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1TGF-β
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
  • タンパク質・ペプチド: 28G11 Fab heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: 28G11 Fab light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...: / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / extracellular matrix assembly / embryonic liver development / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of macrophage cytokine production / odontoblast differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / : / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / secondary palate development / membrane protein intracellular domain proteolysis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / heart valve morphogenesis / positive regulation of vasculature development / hyaluronan catabolic process / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP biosynthetic process / receptor catabolic process / negative regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of biomineral tissue development / type I transforming growth factor beta receptor binding / cell-cell junction organization / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of vascular permeability / deubiquitinase activator activity / transforming growth factor beta binding / response to cholesterol / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / aortic valve morphogenesis / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of protein localization to plasma membrane / 血管新生 / neural tube development / Molecules associated with elastic fibres / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / negative regulation of cytokine production / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of fat cell differentiation / Syndecan interactions / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-17 production / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / plasma membrane => GO:0005886 / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of cell division / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of cell cycle / ECM proteoglycans / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of collagen biosynthetic process / 上皮間葉転換 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / 脈管形成 / lymph node development / chondrocyte differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / salivary gland morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / regulation of cell migration / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / antigen binding / positive regulation of protein metabolic process / protein export from nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / 細胞外マトリックス / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of miRNA transcription / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition)
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / Leucine rich repeat N-terminal domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor beta activator LRRC32
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ebenhoch R / Nar H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Immunohorizons / 年: 2023
タイトル: Anti-GARP Antibodies Inhibit Release of TGF-β by Regulatory T Cells via Different Modes of Action, but Do Not Influence Their Function In Vitro.
著者: Frederik H Igney / Rebecca Ebenhoch / Felix Schiele / Herbert Nar /
要旨: Regulatory T cells (Treg) play a critical role in controlling immune responses in diseases such as cancer or autoimmunity. Activated Treg express the membrane protein GARP (LRRC32) in complex with ...Regulatory T cells (Treg) play a critical role in controlling immune responses in diseases such as cancer or autoimmunity. Activated Treg express the membrane protein GARP (LRRC32) in complex with the latent form of the immunosuppressive cytokine TGF-β (L-TGF-β). In this study, we confirmed that active TGF-β was generated from its latent form in an integrin-dependent manner and induced TGF-β receptor signaling in activated human Treg. We studied a series of Abs targeting the L-TGF-β/GARP complex with distinct binding modes. We found that TGF-β receptor signaling could be inhibited by anti-TGF-β and by some, but not all, Abs against the L-TGF-β/GARP complex. Cryogenic electron microscopy structures of three L-TGF-β/GARP complex-targeting Abs revealed their distinct epitopes and allowed us to elucidate how they achieve blockade of TGF-β activation. Three different modes of action were identified, including a novel unusual mechanism of a GARP-binding Ab. However, blockade of GARP or TGF-β by Abs did not influence the suppressive activity of human Treg in vitro. We were also not able to confirm a prominent role of GARP in other functions of human Treg, such as FOXP3 induction and Treg stability. These data show that the GARP/TGF-β axis can be targeted pharmacologically in different ways, but further studies are necessary to understand its complexity and to unleash its therapeutic potential.
履歴
登録2023年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年3月29日-
現状2023年3月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16460.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.624
最小 - 最大-3.6561434 - 4.836684
平均 (標準偏差)1.0530627e-12 (±0.18210551)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin966398
サイズ125172108
Spacing108125172
セルA: 116.64001 Å / B: 135.0 Å / C: 185.76001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_16460_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_16460_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : latTGF-beta in complex with Fab 28G11

全体名称: latTGF-beta in complex with Fab 28G11
要素
  • 複合体: latTGF-beta in complex with Fab 28G11
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1TGF-β
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1TGF-β
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
  • タンパク質・ペプチド: 28G11 Fab heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: 28G11 Fab light chain

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超分子 #1: latTGF-beta in complex with Fab 28G11

超分子名称: latTGF-beta in complex with Fab 28G11 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transforming growth factor beta-1

分子名称: Transforming growth factor beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.531488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LSTCKTIDME LVKRKRIEAI RGQILSKLRL ASPPSQGEVP PGPLPEAVLA LYNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHN EIYDKFKQST HSIYMFFNTS ELREAVPEPV LLSRAELRLL RLKLKVEQHV ELYQKYSNNS WRYLSNRLLA P SDSPEWLS ...文字列:
LSTCKTIDME LVKRKRIEAI RGQILSKLRL ASPPSQGEVP PGPLPEAVLA LYNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHN EIYDKFKQST HSIYMFFNTS ELREAVPEPV LLSRAELRLL RLKLKVEQHV ELYQKYSNNS WRYLSNRLLA P SDSPEWLS FDVTGVVRQW LSRGGEIEGF RLSAHCSCDS RDNTLQVDIN GFTTGRRGDL ATIHGMNRPF LLLMATPLER AQ HLQSSRH RR

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分子 #2: Transforming growth factor beta-1

分子名称: Transforming growth factor beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.809812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ALDTNYCFSS TEKNCCVRQL YIDFRKDLGW KWIHEPKGYH ANFCLGPCPY IWSLDTQYSK VLALYNQHNP GASAAPCCVP QALEPLPIV YYVGRKPKVE QLSNMIVRSC KCS

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分子 #3: Transforming growth factor beta activator LRRC32

分子名称: Transforming growth factor beta activator LRRC32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.358488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HQDKVPCKMV DKKVSCQVLG LLQVPSVLPP DTETLDLSGN QLRSILASPL GFYTALRHLD LSTNEISFLQ PGAFQALTHL EHLSLAHNR LAMATALSAG GLGPLPRVTS LDLSGNSLYS GLLERLLGEA PSLHTLSLAE NSLTRLTRHT FRDMPALEQL D LHSNVLMD ...文字列:
HQDKVPCKMV DKKVSCQVLG LLQVPSVLPP DTETLDLSGN QLRSILASPL GFYTALRHLD LSTNEISFLQ PGAFQALTHL EHLSLAHNR LAMATALSAG GLGPLPRVTS LDLSGNSLYS GLLERLLGEA PSLHTLSLAE NSLTRLTRHT FRDMPALEQL D LHSNVLMD IEDGAFEGLP RLTHLNLSRN SLTCISDFSL QQLRVLDLSC NSIEAFQTAS QPQAEFQLTW LDLRENKLLH FP DLAALPR LIYLNLSNNL IRLPTGPPQD SKGIHAPSEG WSALPLSAPS GNASGRPLSQ LLNLDLSYNE IELIPDSFLE HLT SLCFLN LSRNCLRTFE ARRLGSLPCL MLLDLSHNAL ETLELGARAL GSLRTLLLQG NALRDLPPYT FANLASLQRL NLQG NRVSP CGGPDEPGPS GCVAFSGITS LRSLSLVDNE IELLRAGAFL HTPLTELDLS SNPGLEVATG ALGGLEASLE VLALQ GNGL MVLQVDLPCF ICLKRLNLAE NRLSHLPAWT QAVSLEVLDL RNNSFSLLPG SAMGGLETSL RRLYLQGNPL SCCGNG WLA AQLHQGRVDV DATQDLICRF SSQEEVSLSH VRPEDCEK

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分子 #4: 28G11 Fab heavy chain

分子名称: 28G11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.529211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQPGAE LRNSGASVKV SCKASGYRFT SYYIDWVRQA PGQGLEWMGR IDPEDGGTKY AQKFQGRVTF TADTSTSTAY VELSSLRSE DTAVYYCARN EWETVVVGDL MYEYEYWGQG TQVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
EVQLVQPGAE LRNSGASVKV SCKASGYRFT SYYIDWVRQA PGQGLEWMGR IDPEDGGTKY AQKFQGRVTF TADTSTSTAY VELSSLRSE DTAVYYCARN EWETVVVGDL MYEYEYWGQG TQVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKRVEPK

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分子 #5: 28G11 Fab light chain

分子名称: 28G11 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.091578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASLGDRVT ITCQASQSIS SYLAWYQQKP GQAPNILIYG ASRLKTGVPS RFSGSGSGTS FTLTISGLEA EDAGTYYCQ QYASVPVTFG QGTKVELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASLGDRVT ITCQASQSIS SYLAWYQQKP GQAPNILIYG ASRLKTGVPS RFSGSGSGTS FTLTISGLEA EDAGTYYCQ QYASVPVTFG QGTKVELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6gff

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 418886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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