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万見
- EMDB-1212: Hrr25-dependent phosphorylation state regulates organization of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1212
タイトルHrr25-dependent phosphorylation state regulates organization of the pre-40S subunit.
マップデータmap of 40S ribosome
試料
  • 試料: 40S Ribosome
  • 複合体: 40S-ribosome
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.0 Å
データ登録者Schafer T / Maco B / Petfalski E / Tollervey D / Bottcher B / Aebi U / Hurt E
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Hrr25-dependent phosphorylation state regulates organization of the pre-40S subunit.
著者: Thorsten Schäfer / Bohumil Maco / Elisabeth Petfalski / David Tollervey / Bettina Böttcher / Ueli Aebi / Ed Hurt /
要旨: The formation of eukaryotic ribosomes is a multistep process that takes place successively in the nucleolar, nucleoplasmic and cytoplasmic compartments. Along this pathway, multiple pre-ribosomal ...The formation of eukaryotic ribosomes is a multistep process that takes place successively in the nucleolar, nucleoplasmic and cytoplasmic compartments. Along this pathway, multiple pre-ribosomal particles are generated, which transiently associate with numerous non-ribosomal factors before mature 60S and 40S subunits are formed. However, most mechanistic details of ribosome biogenesis are still unknown. Here we identify a maturation step of the yeast pre-40S subunit that is regulated by the protein kinase Hrr25 and involves ribosomal protein Rps3. A high salt concentration releases Rps3 from isolated pre-40S particles but not from mature 40S subunits. Electron microscopy indicates that pre-40S particles lack a structural landmark present in mature 40S subunits, the 'beak'. The beak is formed by the protrusion of 18S ribosomal RNA helix 33, which is in close vicinity to Rps3. Two protein kinases Hrr25 and Rio2 are associated with pre-40S particles. Hrr25 phosphorylates Rps3 and the 40S synthesis factor Enp1. Phosphorylated Rsp3 and Enp1 readily dissociate from the pre-ribosome, whereas subsequent dephosphorylation induces formation of the beak structure and salt-resistant integration of Rps3 into the 40S subunit. In vivo depletion of Hrr25 inhibits growth and leads to the accumulation of immature 40S subunits that contain unstably bound Rps3. We conclude that the kinase activity of Hrr25 regulates the maturation of 40S ribosomal subunits.
履歴
登録2006年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年4月3日-
マップ公開2006年6月1日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1212.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map of 40S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.72 Å/pix.
x 80 pix.
= 457.6 Å		5.72 Å/pix.
x 80 pix.
= 457.6 Å		5.72 Å/pix.
x 80 pix.
= 457.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.211 / ムービー #1: 0.3
最小 - 最大-1.08288 - 2.18498
平均 (標準偏差)0.00655999 (±0.135631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 457.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.725.725.72
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z457.600457.600457.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-1.0832.1850.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 40S Ribosome

全体名称: 40S Ribosome
要素
  • 試料: 40S Ribosome
  • 複合体: 40S-ribosome

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超分子 #1000: 40S Ribosome

超分子名称: 40S Ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: sample was purified from S. cervisiae / 集合状態: monomer / Number unique components: 1

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超分子 #1: 40S-ribosome

超分子名称: 40S-ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.5mM DTT
グリッド詳細: 400 mesh copper rhodium grids (Maxtaform)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Plunger with environmental chamber
手法: Blot for 15 s with Whatman No 1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: bjective lens astigmatism was corrected at
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 69 / ビット/ピクセル: 12
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細236 out of 400 classes were used for final reconstruction
CTF補正詳細: Each Particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC 5
詳細: reconstructions were calculated from half of the class averages. Euler angles of class averages were determined by projection matching
使用した粒子像数: 4827
最終 角度割当詳細: IMAGIC
最終 2次元分類クラス数: 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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