[日本語] English
万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

-
検索語

名称・Taxonomy-ID・キーワード:

-
生物種情報

和名 *1シュードモナス・エルジノーサ, 緑膿菌
名称 *2Pseudomonas aeruginosa PAO1
その他の名称 *2equivalent name: Pseudomonas sp. PAO1
構造データでの名称Pseudomonas aeruginosa pa01 / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) ...Pseudomonas aeruginosa pa01 / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) / Pseudomonas aeruginosa (strain PAO1) / Pseudomonas aeruginosa str. PAO1
NCBI Taxonomy ID208964
系統 *2細胞生物 > 細菌 > Pseudomonadota > ガンマプロテオバクテリア綱 > シュードモナス目 > シュードモナス科 > シュードモナス属 > シュードモナス属 > 緑膿菌
ウィキペディアウィキペディア - 緑膿菌: 緑膿菌（りょくのうきん、学名、Pseudomonas aeruginosa）は、細菌に分類される、グラム陰性で好気性の桿菌の1種であり、地球上の環境中に広く分布している代表的な常在菌の1つでもある。ヒトに対しても病原性を持つが、健常者に感染しても発病させることは無い...
コメントバクテリア
出典*1: DBCLSメタ用語集-翻訳用テーブル-学名と和名の対応 ライフサイエンス統合データベースプロジェクト
*2: NCBI Taxonomy

-
EMDB エントリ (102)

-
PDB エントリ (800)

-
SASBDB エントリ (4)

全4件を表示しています

SASDF85:
Pseudomonas aeruginosa antitoxin HigA: apo PaHigA (Uncharacterized protein)

SASDF95:
Pseudomonas aeruginosa antitoxin HigA bound to duplex DNA: PaHigA-DNA complex

SASDGS5:
MvaT (low salt data set) (MvaT(mutant))

SASDGT5:
MvaT (high salt data set) (MvaT(mutant))

+
万見生物種について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

他の情報も見る