PDB-2v50: The Missing Part of the Bacterial MexAB-OprM System: Structural d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v50

タイトル

The Missing Part of the Bacterial MexAB-OprM System: Structural determination of the Multidrug Exporter MexB

要素

MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

多剤耐性

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN / DDM / RND /

MEMBRANE (生体膜) /

DETERGENT (洗剤) / TRANSPORT /

CELL MEMBRANE (細胞膜) /

TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / CELL INNER MEMBRANE /

ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / DRUG-EFFLUX PUMP /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA PA01 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Sennhauser, G. / Bukowska, M.A. / Gruetter, M.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of the Multidrug Exporter Mexb from Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Sennhauser, G. / Bukowska, M.A. / Briand, C. / Gruetter, M.G.

履歴

登録	2008年10月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Advisory / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v50.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v50.ent.gz	939.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/2v50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/2v50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j8sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yil-d 4zjq-1 3aoc-d 6nzi-1 1oye-1 1t9u-1 2gif-d 6t7s-d 2hqd-1 6z12-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

B: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

C: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

D: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

E: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

F: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

ヘテロ分子

686 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

B: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

C: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

E: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

F: MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.050, 134.580, 151.020
Angle α, β, γ (deg.)	86.99, 69.70, 88.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:1030 )
2	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:1030 )
1	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 1:668 OR RESSEQ 691:989 OR RESSEQ 996:1030 )
2	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 1:668 OR RESSEQ 691:989 OR RESSEQ 996:1030 )
1	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 4:153 OR RESSEQ 165:252 OR RESSEQ...
2	1	3	CHAIN D AND (RESSEQ 4:153 OR RESSEQ 165:252 OR RESSEQ...

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.6075, 0.6677, 0.4303), (0.6683, 0.1369, 0.7312), (0.4293, 0.7318, -0.5294)	32.4441, -35.0499, 38.541
2	given	(-0.6075, 0.6677, 0.4303), (0.6683, 0.1369, 0.7312), (0.4293, 0.7318, -0.5294)	32.4441, -35.0499, 38.541
3	given	(-0.6064, 0.6678, 0.4317), (0.6679, 0.1331, 0.7323), (0.4315, 0.7324, -0.5267)	32.2967, -35.1697, 38.3243

#1: タンパク質	MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN MEXB / 多剤耐性 / MEXB / MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER MEXB 分子量: 113706.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PA01 (緑膿菌) プラスミド: PET-28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P52002
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
配列の詳細	6 HISTIDINES ADDED AT THE C-TERMINUS FOR PURIFICATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.5 / 詳細: 30% PEG400, 50MM NA-ACETATE, 230MM NACL, pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9196
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 176904 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 88.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.26
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J8S

2j8s

解像度: 3→49.76 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	3539	2 %
R_work	0.242	-	-
obs	0.243	176904	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.14 Å² / k_sol: 0.27 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 100.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.319 Å²	23.1156 Å²	3.664 Å²
2-	-	4.3052 Å²	13.6682 Å²
3-	-	-	-10.6242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→49.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46348	0	280	0	46628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	47576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	64639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.135	17144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	7585
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	8242

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	7812	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	F	7812	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
2	1	B	7619	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	7619	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
3	1	A	7268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	D	7268	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0044-3.0455	0.4103	124	0.3926	6045	X-RAY DIFFRACTION	84
3.0455-3.089	0.4591	142	0.3597	6978	X-RAY DIFFRACTION	97
3.089-3.1351	0.3697	144	0.3374	7034	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1351-3.1841	0.3725	143	0.3194	7012	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1841-3.2363	0.3503	142	0.3198	6984	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2363-3.2921	0.3687	146	0.3119	7124	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2921-3.352	0.3344	142	0.3022	6981	X-RAY DIFFRACTION	97
3.352-3.4164	0.3276	141	0.2878	6905	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4164-3.4861	0.3491	143	0.2812	6999	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4861-3.5619	0.3628	143	0.2803	6998	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5619-3.6448	0.3217	143	0.2746	7033	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6448-3.7359	0.2945	143	0.255	6983	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7359-3.8368	0.2772	143	0.2424	7005	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8368-3.9497	0.3066	142	0.2421	6952	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9497-4.0771	0.2654	142	0.2471	6995	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0771-4.2228	0.2878	143	0.2402	6962	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2228-4.3918	0.2777	141	0.2274	6919	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3918-4.5915	0.2386	142	0.2024	6946	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5915-4.8334	0.2109	141	0.1909	6913	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8334-5.1359	0.2318	142	0.1814	6964	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1359-5.532	0.2202	142	0.1997	6979	X-RAY DIFFRACTION	97
5.532-6.0878	0.2572	142	0.2145	6955	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0878-6.9667	0.288	140	0.2181	6874	X-RAY DIFFRACTION	95
6.9667-8.7695	0.2273	141	0.1868	6898	X-RAY DIFFRACTION	96
8.7695-49.7681	0.3008	142	0.2526	6927	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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