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万見
- PDB-4d1k: Cryo-electron microscopy of tubular arrays of HIV-1 Gag resolves ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d1k
タイトルCryo-electron microscopy of tubular arrays of HIV-1 Gag resolves structures essential for immature virus assembly.
要素GAG PROTEINHIV-1 protease
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / CAPSID (カプシド) / SP1 / HELICAL RECONSTRUCTION
機能・相同性gag protein p24 N-terminal domain / viral process / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / カプシド / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / Gag protein
機能・相同性情報
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å
データ登録者Bharat, T.A.M. / Castillo-Menendez, L.R. / Hagen, W.J.H. / Lux, V. / Igonet, S. / Schorb, M. / Schur, F.K.M. / Krauesslich, H.G. / Briggs, J.A.G.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Cryo-electron microscopy of tubular arrays of HIV-1 Gag resolves structures essential for immature virus assembly.
著者: Tanmay A M Bharat / Luis R Castillo Menendez / Wim J H Hagen / Vanda Lux / Sebastien Igonet / Martin Schorb / Florian K M Schur / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: The assembly of HIV-1 is mediated by oligomerization of the major structural polyprotein, Gag, into a hexameric protein lattice at the plasma membrane of the infected cell. This leads to budding and ...The assembly of HIV-1 is mediated by oligomerization of the major structural polyprotein, Gag, into a hexameric protein lattice at the plasma membrane of the infected cell. This leads to budding and release of progeny immature virus particles. Subsequent proteolytic cleavage of Gag triggers rearrangement of the particles to form mature infectious virions. Obtaining a structural model of the assembled lattice of Gag within immature virus particles is necessary to understand the interactions that mediate assembly of HIV-1 particles in the infected cell, and to describe the substrate that is subsequently cleaved by the viral protease. An 8-Å resolution structure of an immature virus-like tubular array assembled from a Gag-derived protein of the related retrovirus Mason-Pfizer monkey virus (M-PMV) has previously been reported, and a model for the arrangement of the HIV-1 capsid (CA) domains has been generated based on homology to this structure. Here we have assembled tubular arrays of a HIV-1 Gag-derived protein with an immature-like arrangement of the C-terminal CA domains and have solved their structure by using hybrid cryo-EM and tomography analysis. The structure reveals the arrangement of the C-terminal domain of CA within an immature-like HIV-1 Gag lattice, and provides, to our knowledge, the first high-resolution view of the region immediately downstream of CA, which is essential for assembly, and is significantly different from the respective region in M-PMV. Our results reveal a hollow column of density for this region in HIV-1 that is compatible with the presence of a six-helix bundle at this position.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2638
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2638
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAG PROTEIN
B: GAG PROTEIN
C: GAG PROTEIN
D: GAG PROTEIN
E: GAG PROTEIN
F: GAG PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5326
ポリマ－146,5326
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

#1: タンパク質
GAG PROTEIN / HIV-1 protease


分子量: 24421.988 Da / 分子数: 6 / 断片: CAPSID, RESIDUES 1-219 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 10NM PROTEIN-A CONJUGATED GOLD PARTICLES WERE ADDED TO THE SAMPLE. PROTEIN CONSTRUCT CONSISTS OF CA TO NC DOMAINS WITH MUTATION IN POSITION Y169.
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5D0H3
配列の詳細THE PROTEIN DEPOSITED IS A MUTANT AT POSITION Y169.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: HIV-1 CANC Y169 MUTANT PROTEIN ASSEMBLED WITH 73MER DNA INTO TUBULAR PARTICLES
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 30 MM MES, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, 0.5 M NACL / pH: 6 / 詳細: 30 MM MES, 1 MM EDTA, 1 MM DTT, 0.5 M NACL
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年12月25日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 23 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 82
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3AV3３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
3次元再構成解像度: 9.4 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 1.5 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.53 Å
詳細: ATOMIC MODELS WERE FITTED USING MOLECULAR MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING (MDFF). THE CA-NTD ATOMIC MODEL PDB ID 2JPR AND THE CA-CTD ATOMIC MODEL PDB ID 4COP WERE USED AS STARTING MODELS. ...詳細: ATOMIC MODELS WERE FITTED USING MOLECULAR MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING (MDFF). THE CA-NTD ATOMIC MODEL PDB ID 2JPR AND THE CA-CTD ATOMIC MODEL PDB ID 4COP WERE USED AS STARTING MODELS. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2638. (DEPOSITION ID: 12470).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 4COP

4cop

精密化最高解像度: 9.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 0 0 3942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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