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万見
- PDB-1sxj: Crystal Structure of the Eukaryotic Clamp Loader (Replication Fac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sxj
タイトルCrystal Structure of the Eukaryotic Clamp Loader (Replication Factor C, RFC) Bound to the DNA Sliding Clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen, PCNA)
要素
  • (Activator 1 40 kDa ...) x 2
  • Activator 1 37 kDa subunit
  • Activator 1 41 kDa subunit
  • Activator 1 95 kDa subunit
  • Proliferating cell nuclear antigen増殖細胞核抗原
キーワードREPLICATION (DNA複製) / CLAMP LOADER / PROCESSIVITY CLAMP / DNA SLIDING CLAMP / AAA+ ATPASE / DNA POLYMERASE (DNAポリメラーゼ) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / meiotic mismatch repair / DNA clamp loader activity / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate ...DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Elg1 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / meiotic mismatch repair / DNA clamp loader activity / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / PCNA complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / Activation of ATR in response to replication stress / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / error-free translesion synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNAミスマッチ修復 / DNA修復 / positive regulation of DNA repair / DNA複製 / positive regulation of DNA replication / DNA damage checkpoint signaling / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / 細胞分裂 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : ...Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / Box / 増殖細胞核抗原 / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / : / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / 増殖細胞核抗原 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 1 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Bowman, G.D. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of a eukaryotic sliding DNA clamp-clamp loader complex.
著者: Bowman, G.D. / O'Donnell, M. / Kuriyan, J.
履歴
登録2004年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE The actual sequence of the region 697-747 (shown as UNK in SEQRES) is ...SEQUENCE The actual sequence of the region 697-747 (shown as UNK in SEQRES) is DKIGLRLDYLPTFRKRLLDPFLKQGADAISSVIEVMDDYYLTKEDWDSIME

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activator 1 95 kDa subunit
B: Activator 1 37 kDa subunit
C: Activator 1 40 kDa subunit
D: Activator 1 41 kDa subunit
E: Activator 1 40 kDa subunit
F: Proliferating cell nuclear antigen
G: Proliferating cell nuclear antigen
H: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,28217
ポリマ－306,6658
非ポリマー2,6179
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37350 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area104140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.209, 110.481, 268.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ABDFGH

#1: タンパク質 Activator 1 95 kDa subunit / Replication factor C subunit 1 / Replication factor C1 / Cell division control protein 44


分子量: 56377.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC1, CDC44, YOR217W, YOR50-7 / プラスミド: pLANT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38630
#2: タンパク質 Activator 1 37 kDa subunit / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C4


分子量: 36171.977 Da / 分子数: 1 / Mutation: R162Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40339
#4: タンパク質 Activator 1 41 kDa subunit / Replication factor C subunit 2 / Replication factor C2


分子量: 39765.410 Da / 分子数: 1 / Mutation: R160Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40348
#6: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / 増殖細胞核抗原 / PCNA


分子量: 32053.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15873

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Activator 1 40 kDa ... , 2種, 2分子 CE

#3: タンパク質 Activator 1 40 kDa subunit / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C3


分子量: 38225.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: R165Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38629
#5: タンパク質 Activator 1 40 kDa subunit / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C5


分子量: 39964.520 Da / 分子数: 1 / Mutation: R184Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / プラスミド: pLANT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38251

-
非ポリマー , 3種, 9分子

#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#9: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 3350, sodium chloride, CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130-50 mg/mlprotein1drop
2300 mM1reservoirNaCl
314.4-15.2 %(w/v)PEG33501reservoir
4100 mMCHES1reservoir
55 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
610 mMATP-gammaS1drop
710 mM1dropMgCl2
84 mMdithiothreitol1drop
92 mMTCEP1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.210.9464, 0.9798
シンクロトロンALS 8.2.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2003年6月11日
ADSC QUANTUM 3152CCD2003年7月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)MADMx-ray1
2Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94641
20.97981
311
反射解像度: 2.85→100 Å / Num. all: 139719 / Num. obs: 132895 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7230 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 1PLQ, 1JR3, 1NJF, 1IQP

1plq

1jr3

1njf

1iqp


解像度: 2.85→48.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 122662.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: IN CHAIN A, IT WAS NOT POSSIBLE TO UNAMBIGUOUSLY DETERMINE THE SEQUENCE REGISTER FOR RESIDUES 697 TO 747. THESE RESIDUES ARE THEREFORE DESIGNATED UNK TO INDICATE THIS AMBIGUITY. IN CHAIN E, ...詳細: IN CHAIN A, IT WAS NOT POSSIBLE TO UNAMBIGUOUSLY DETERMINE THE SEQUENCE REGISTER FOR RESIDUES 697 TO 747. THESE RESIDUES ARE THEREFORE DESIGNATED UNK TO INDICATE THIS AMBIGUITY. IN CHAIN E, RESIDUES 86 TO 121 ARE GIVEN THE AMINO ACID TYPES THAT CORRESPOND TO THE GENE NUMBERING, HOWEVER THE SEQUENCE REGISTER MAY BE INCORRECT DUE TO A LACK OF DENSITY FOR FLANKING LOOPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 6077 4.6 %RANDOM
Rwork0.251 ---
all0.251 132895 --
obs0.251 132895 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1289 Å2 / ksol: 0.280894 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.33 Å20 Å20 Å2
2--18.11 Å20 Å2
3---6.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19585 0 155 0 19740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.422.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 896 4.5 %
Rwork0.398 18948 -
obs--85.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ATG_ADP_PAR.TXTATG_ADP_TOP.TXT
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 91.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.672
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.422.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.429 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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