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万見
- PDB-8sej: Type I beta-amyloid 42 Filaments from Down syndrome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sej
タイトルType I beta-amyloid 42 Filaments from Down syndrome
要素Amyloid-beta protein 42アミロイドβ
キーワードNEUROPEPTIDE / Beta Amyloid filaments / Down Syndrome (ダウン症候群) / Human Trisomy 21
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / regulation of Wnt signaling pathway / mating behavior / 繊毛 / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / : / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / presynaptic active zone / nuclear envelope lumen / modulation of excitatory postsynaptic potential / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / dendrite development / 小胞体 / regulation of NMDA receptor activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / regulation of presynapse assembly / The NLRP3 inflammasome / intracellular copper ion homeostasis / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / forebrain development / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / クラスリン / Notchシグナリング / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / cholesterol metabolic process / extracellular matrix organization / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic cell cycle / response to interleukin-1 / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / dendritic shaft / locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / 学習 / central nervous system development / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / endosome lumen / synapse organization / Post-translational protein phosphorylation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / neuromuscular junction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / recycling endosome / 認識 / positive regulation of inflammatory response / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / エンドサイトーシス / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell-cell junction / シナプス小胞 / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アミロイド前駆体タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Hoq, M.R. / Bharath, S.R. / Vago, F.S. / Jiang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)5U01NS110437 and and 1RF1AG071177 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of amyloid-β and tau filaments in Down syndrome.
著者: Anllely Fernandez / Md Rejaul Hoq / Grace I Hallinan / Daoyi Li / Sakshibeedu R Bharath / Frank S Vago / Xiaoqi Zhang / Kadir A Ozcan / Kathy L Newell / Holly J Garringer / Wen Jiang / ...著者: Anllely Fernandez / Md Rejaul Hoq / Grace I Hallinan / Daoyi Li / Sakshibeedu R Bharath / Frank S Vago / Xiaoqi Zhang / Kadir A Ozcan / Kathy L Newell / Holly J Garringer / Wen Jiang / Bernardino Ghetti / Ruben Vidal /
要旨: Adult individuals with Down syndrome (DS) develop Alzheimer disease (AD). Whether there is a difference between AD in DS and AD regarding the structure of amyloid-β (Aβ) and tau filaments is ...Adult individuals with Down syndrome (DS) develop Alzheimer disease (AD). Whether there is a difference between AD in DS and AD regarding the structure of amyloid-β (Aβ) and tau filaments is unknown. Here we report the structure of Aβ and tau filaments from two DS brains. We found two Aβ filaments (types IIIa and IIIb) that differ from those previously reported in sporadic AD and two types of Aβ filaments (I and II) identical to those found in sporadic and familial AD. Tau filaments (paired helical filaments and straight filaments) were identical to those in AD, supporting the notion of a common mechanism through which amyloids trigger aggregation of tau. This knowledge is important for understanding AD in DS and assessing whether adults with DS could be included in AD clinical trials.
履歴
登録2023年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-beta protein 42
B: Amyloid-beta protein 42
C: Amyloid-beta protein 42
D: Amyloid-beta protein 42
E: Amyloid-beta protein 42
F: Amyloid-beta protein 42
G: Amyloid-beta protein 42
H: Amyloid-beta protein 42
I: Amyloid-beta protein 42
J: Amyloid-beta protein 42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,60110
ポリマ－35,60110
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Amyloid-beta protein 42 / アミロイドβ


分子量: 3560.128 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
詳細: Type I beta-amyloid 42 filaments from Down syndrome Case 2
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type I beta amyloid 42 / タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.103 sec. / 電子線照射量: 50.46 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: CTFFIND / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 178.24 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.38 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45575 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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