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万見
- PDB-6xc4: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xc4
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing antibody CC12.3
要素
  • CC12.3 heavy chain
  • CC12.3 light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / Antibody (抗体) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / Spike / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.341 Å
データ登録者Yuan, M. / Liu, H. / Wu, N.C. / Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI139445 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
Consortia for HIV/AIDS Vaccine DevelopmentUM1 AI44462 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis of a shared antibody response to SARS-CoV-2.
著者: Yuan, M. / Liu, H. / Wu, N.C. / Lee, C.D. / Zhu, X. / Zhao, F. / Huang, D. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Rogers, T.F. / Landais, E. / Sok, D. / Jardine, J.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structural basis of a public antibody response to SARS-CoV-2.
著者: Yuan, M. / Liu, H. / Wu, N.C. / Lee, C.D. / Zhu, X. / Zhao, F. / Huang, D. / Yu, W. / Hua, Y. / Tien, H. / Rogers, T.F. / Landais, E. / Sok, D. / Jardine, J.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: CC12.3 heavy chain
L: CC12.3 light chain
Z: Spike protein S1
X: CC12.3 heavy chain
Y: CC12.3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2518
ポリマ－145,8096
非ポリマー4422
水11,692649
1
A: Spike protein S1
H: CC12.3 heavy chain
L: CC12.3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1264
ポリマ－72,9043
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Z: Spike protein S1
X: CC12.3 heavy chain
Y: CC12.3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1264
ポリマ－72,9043
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.071, 105.590, 165.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 334 through 527 or resid 533))
21chain Z
12(chain H and (resid 1 through 128 or resid 134 through 215))
22chain X
13chain L
23chain Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 334 through 527 or resid 533))A334 - 527
121(chain A and (resid 334 through 527 or resid 533))A533
211chain ZZ334 - 527
112(chain H and (resid 1 through 128 or resid 134 through 215))H1 - 128
122(chain H and (resid 1 through 128 or resid 134 through 215))H134 - 215
212chain XX1 - 215
113chain LL1 - 213
213chain YY1 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 CC12.3 heavy chain


分子量: 23377.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 CC12.3 light chain


分子量: 23431.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium phosphate pH 6.5 12% polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 78783 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.33→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 7298 / CC1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YLA, 4TSA, 4ZD3

6yla

4tsa

4zd3


解像度: 2.341→41.706 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 3800 4.82 %
Rwork0.184 74972 -
obs0.1857 78772 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.79 Å2 / Biso mean: 39.1926 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.341→41.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9632 0 28 649 10309
Biso mean--65.25 41.12 -
残基数----1253
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1188X-RAY DIFFRACTION2.924TORSIONAL
12Z1188X-RAY DIFFRACTION2.924TORSIONAL
21H1284X-RAY DIFFRACTION2.924TORSIONAL
22X1284X-RAY DIFFRACTION2.924TORSIONAL
31L1288X-RAY DIFFRACTION2.924TORSIONAL
32Y1288X-RAY DIFFRACTION2.924TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3412-2.37080.31621240.2698215577
2.3708-2.4020.31511300.2797286499
2.402-2.43490.32231370.2638285399
2.4349-2.46970.34421120.2566277799
2.4697-2.50660.29341400.2377281998
2.5066-2.54570.26341480.2381285199
2.5457-2.58740.28631300.2322280298
2.5874-2.63210.3131410.2311273196
2.6321-2.67990.25081350.239270093
2.6799-2.73140.26661130.2304262992
2.7314-2.78720.29381160.2143280396
2.7872-2.84780.27651480.203284499
2.8478-2.9140.20351630.2061282899
2.914-2.98690.21721610.20322804100
2.9869-3.06760.27651350.20452882100
3.0676-3.15780.22571590.196280599
3.1578-3.25970.2591620.1887282899
3.2597-3.37620.26451480.1921281699
3.3762-3.51130.18171450.1764284098
3.5113-3.6710.18471460.1698275297
3.671-3.86440.20311280.1652275296
3.8644-4.10630.18471350.1563264692
4.1063-4.42310.17771450.1385285499
4.4231-4.86760.15351370.1303285399
4.8676-5.57050.17361460.1462288499
5.5705-7.01280.2031500.1757286698
7.0128-41.7060.19671660.1704273494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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