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- PDB-4zd3: Structure of a transglutaminase 2-specific autoantibody Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zd3
タイトルStructure of a transglutaminase 2-specific autoantibody Fab fragment
要素
  • 679-14-14E06 Fab fragment heavy chain
  • 679-14-14E06 Fab fragment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / transglutaminase 2 (タンパク質-グルタミンγ-グルタミルトランスフェラーゼ) / antibody (抗体) / Fab fragment / celiac disease (セリアック病)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, X. / Dalhus, B. / Hnida, K. / Iversen, R. / Sollid, L.M.
資金援助 ノルウェー, 4件
組織認可番号国
South-Eastern Norway Regional Health Authority ノルウェー
Research Council of Norway179573/V40 ノルウェー
European Communitys Seventh Framework ProgrammeMRTN-CT-2011-289964 ノルウェー
European Communitys Seventh Framework ProgrammeERC-2010-Ad-268541 ノルウェー
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Antigen Recognition by Transglutaminase 2-specific Autoantibodies in Celiac Disease.
著者: Xi Chen / Kathrin Hnida / Melissa Ann Graewert / Jan Terje Andersen / Rasmus Iversen / Anne Tuukkanen / Dmitri Svergun / Ludvig M Sollid /
要旨: Antibodies to the autoantigen transglutaminase 2 (TG2) are a hallmark of celiac disease. We have studied the interaction between TG2 and an anti-TG2 antibody (679-14-E06) derived from a single gut ...Antibodies to the autoantigen transglutaminase 2 (TG2) are a hallmark of celiac disease. We have studied the interaction between TG2 and an anti-TG2 antibody (679-14-E06) derived from a single gut IgA plasma cell of a celiac disease patient. The antibody recognizes one of four identified epitopes targeted by antibodies of plasma cells of the disease lesion. The binding interface was identified by small angle x-ray scattering, ab initio and rigid body modeling using the known crystal structure of TG2 and the crystal structure of the antibody Fab fragment, which was solved at 2.4 Å resolution. The result was confirmed by testing binding of the antibody to TG2 mutants by ELISA and surface plasmon resonance. TG2 residues Arg-116 and His-134 were identified to be critical for binding of 679-14-E06 as well as other epitope 1 antibodies. In contrast, antibodies directed toward the two other main epitopes (epitopes 2 and 3) were not affected by these mutations. Molecular dynamics simulations suggest interactions of 679-14-E06 with the N-terminal domain of TG2 via the CDR2 and CDR3 loops of the heavy chain and the CDR2 loop of the light chain. In addition there were contacts of the framework 3 region of the heavy chain with the catalytic domain of TG2. The results provide an explanation for the biased usage of certain heavy and light chain gene segments by epitope 1-specific antibodies in celiac disease.
履歴
登録2015年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 679-14-14E06 Fab fragment heavy chain
L: 679-14-14E06 Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7012
ポリマ－47,7012
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.340, 61.380, 79.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 679-14-14E06 Fab fragment heavy chain


分子量: 24026.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 679-14-14E06 Fab fragment light chain


分子量: 23674.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 % / 解説: crystals look like plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.01 M nickel (II) chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH=8.5, 20% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979093 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.53 Å / Num. obs: 18701 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLM7.1.0データ削減
Aimless5.8.0049データスケーリング
PHASER5.8.0049位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Contant and variable domains of heavy chain PDB code 4HPO and a light chain PDB code 1DFB

4hpo

1dfb


解像度: 2.4→49.432 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 943 5.1 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2037 18508 98.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.432 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3097 0 0 78 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093179
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2774317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0331128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.52660.2761350.22342488X-RAY DIFFRACTION99
2.5266-2.68480.32811310.23192494X-RAY DIFFRACTION99
2.6848-2.89210.32441350.22832481X-RAY DIFFRACTION99
2.8921-3.18310.30391400.22122515X-RAY DIFFRACTION99
3.1831-3.64360.25251080.19412523X-RAY DIFFRACTION99
3.6436-4.590.22531480.17062513X-RAY DIFFRACTION99
4.59-49.44230.24171460.19212551X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4625-0.322-0.33442.60461.19352.32470.06920.12310.0306-0.1106-0.12410.09330.0099-0.11630.02510.1265-0.0041-0.04140.10840.02130.194517.6485-11.8788-2.2403
22.33721.325-0.3693.9023-1.78383.59450.03870.20830.1805-0.1380.03410.36950.093-0.087-0.0810.13320.0097-0.06950.1481-0.04480.2885-4.1857-14.0347-1.7251
33.01660.6692-0.77392.1608-0.86212.7397-0.5255-2.0066-0.66930.01880.3975-0.14960.2265-0.08090.08780.27840.0274-0.11390.79760.210.409712.6922-6.507330.0273
41.26810.0589-0.4240.70740.47831.7073-0.327-1.42391.17380.0757-0.34260.5246-0.2679-0.26030.26350.33990.0742-0.180.7754-0.39730.8236-1.42592.766729.1607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain H and resseq 1:128)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain L and resseq 1:127)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain H and resseq 129:224)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain L and resseq 128:227)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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