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- PDB-4rfe: Crystal structure of ADCC-potent ANTI-HIV-1 Rhesus macaque antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfe
タイトルCrystal structure of ADCC-potent ANTI-HIV-1 Rhesus macaque antibody JR4 Fab
要素
  • Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
  • Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 GP120 SPECIFIC ANTIBODY / CD4I ANTIBODY / ADCC / HIV-1 ENV / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY JR4
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Wu, X. / Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Cocrystal Structures of Antibody N60-i3 and Antibody JR4 in Complex with gp120 Define More Cluster A Epitopes Involved in Effective Antibody-Dependent Effector Function against HIV-1.
著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A. ...著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Acharya, P. / Yu, L. / Liu, T. / Zhao, P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Kamin-Lewis, R. / Sajadi, M.M. / Martin, L. / Robinson, J.E. / Kwong, P.D. / DeVico, A.L. / Ray, K. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22021年6月2日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
L: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
A: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
B: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
C: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
D: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
E: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
F: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,87120
ポリマ－190,2688
非ポリマー60312
水26,2301456
1
H: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
L: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7696
ポリマ－47,5672
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
2
A: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
B: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6735
ポリマ－47,5672
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
3
C: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
D: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6023
ポリマ－47,5672
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
4
E: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
F: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8266
ポリマ－47,5672
非ポリマー2594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.418, 79.585, 82.042
Angle α, β, γ (deg.)78.79, 82.89, 65.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 HACELBDF

#1: 抗体
Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4


分子量: 24847.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル)
遺伝子: Fab heavy chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4


分子量: 22719.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル)
遺伝子: Fab light chain of ADCC-potent anti-HIV-1 antibody JR4
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 1468分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% PEG 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0452 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月28日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0452 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 138309 / Num. obs: 129457 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 7.35
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 7002 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TNN

3tnn


解像度: 1.91→40.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.97 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24635 6780 5 %RANDOM
Rwork0.19164 ---
obs0.19442 123383 93.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å21.06 Å2-0.17 Å2
2---0.4 Å20.3 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12736 0 25 1456 14217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02213085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.95317885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.42851687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38924.273454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06151981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5781536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.22051
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0071.58459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.734213708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58734626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8824.54177
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.959 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 473 -
Rwork0.271 9154 -
obs--95.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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