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- PDB-4nmn: Aquifex aeolicus replicative helicase (DnaB) complexed with ADP, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nmn
タイトルAquifex aeolicus replicative helicase (DnaB) complexed with ADP, at 3.3 resolution
要素Replicative DNA helicase
キーワードREPLICATION (DNA複製) / RecA-type helicase / Replicative DNA helicase / ATP binding (アデノシン三リン酸) / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / STRONTIUM ION / Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Lyubimov, A.Y. / Strycharska, M.S. / Erzberger, J.P. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2013
タイトル: Nucleotide and partner-protein control of bacterial replicative helicase structure and function.
著者: Melania S Strycharska / Ernesto Arias-Palomo / Artem Y Lyubimov / Jan P Erzberger / Valerie L O'Shea / Carlos J Bustamante / James M Berger /
要旨: Cellular replication forks are powered by ring-shaped, hexameric helicases that encircle and unwind DNA. To better understand the molecular mechanisms and control of these enzymes, we used multiple ...Cellular replication forks are powered by ring-shaped, hexameric helicases that encircle and unwind DNA. To better understand the molecular mechanisms and control of these enzymes, we used multiple methods to investigate the bacterial replicative helicase, DnaB. A 3.3 Å crystal structure of Aquifex aeolicus DnaB, complexed with nucleotide, reveals a newly discovered conformational state for this motor protein. Electron microscopy and small angle X-ray scattering studies confirm the state seen crystallographically, showing that the DnaB ATPase domains and an associated N-terminal collar transition between two physical states in a nucleotide-dependent manner. Mutant helicases locked in either collar state are active but display different capacities to support critical activities such as duplex translocation and primase-dependent RNA synthesis. Our findings establish the DnaB collar as an autoregulatory hub that controls the ability of the helicase to transition between different functional states in response to both nucleotide and replication initiation/elongation factors.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3877
ポリマ－99,3972
非ポリマー9915
水27015
1
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子

A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,16121
ポリマ－298,1906
非ポリマー2,97215
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area34260 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area107350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.707, 195.707, 195.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

SR

21A-1101-

HOH

31A-1109-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase


分子量: 49698.266 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: dnaB, aq_1472 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67450
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン / ストロンチウム


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Hepes pH 7.5, 200-300mM KSCN or NaSCN and 18-22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→69.2 Å / Num. all: 18616 / Num. obs: 18616 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1.36 / Observed criterion σ(I): 1.36 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 92.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.301→69.193 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 958 5.15 %
Rwork0.2362 --
obs0.2382 18604 98.4 %
all-18616 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.301→69.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6732 0 57 15 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1639294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6022684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3015-3.47550.35921300.34222265X-RAY DIFFRACTION89
3.4755-3.69320.3551640.29552520X-RAY DIFFRACTION100
3.6932-3.97840.34281400.27562526X-RAY DIFFRACTION100
3.9784-4.37870.25381210.24162564X-RAY DIFFRACTION100
4.3787-5.01210.2751310.20992558X-RAY DIFFRACTION100
5.0121-6.31410.2761310.25032582X-RAY DIFFRACTION100
6.3141-69.2080.21221410.19092631X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4566-0.27151.98581.6868-0.95314.01011.1352-0.94190.887-1.09250.3796-0.61240.2768-1.1381.94780.36930.09870.51640.2984-0.38230.870722.613740.7782.6379
20.05530.0382-0.4960.3465-0.73820.5237-0.29870.1704-0.33220.0131-0.05880.57070.01270.282300.4427-0.0375-0.04740.697-0.11090.70083.040436.706314.8469
30.0483-0.023-0.0217-00.03420.0437-0.66890.0571-0.17360.59820.241-0.0986-0.17630.4747-00.98110.07670.14650.77380.0981.2908-4.723340.5967-13.209
41.7314-0.3914-0.29150.84380.23051.4117-0.05210.15210.02230.0165-0.06880.06330.008-0.155400.5246-0.0317-0.02490.61360.00990.390510.906714.5643-28.0716
50.01670.00240.05870.195-0.20030.1003-0.01280.19380.31230.00890.049-0.01110.34470.193801.4231-0.27680.07561.3940.45381.08237.689336.985-32.3392
60.18740.68210.23410.4607-0.11960.67740.0044-0.05370.01710.5432-0.1597-0.1619-0.17830.3560.00340.586-0.12250.04340.8710.13880.58537.215923.2977-11.1212
70.009-0.00250.03150.03920.07610.0239-0.20730.1631.04440.27210.2926-0.2109-0.38770.289900.9381-0.0078-0.16360.7881-0.10970.665330.850718.8453-28.3032
80.8452-0.5536-0.05661.89410.52760.9355-0.00920.03850.0204-0.0831-0.07080.01740.17170.003100.5880.01080.03640.596-0.06670.408225.326-12.2918-16.6998
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 8:83 )A8 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 93:141 OR RESID 1003:1003 ) )A93 - 141
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 93:141 OR RESID 1003:1003 ) )A1003
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 152:166 )A152 - 166
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 180:431 )A180 - 431
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 8:83 )B8 - 83
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 93:141 )B93 - 141
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 151:166 )B151 - 166
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 180:431 )B180 - 431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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