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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cdr | ||||||
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タイトル | Human O-GlcNAc transferase in complex with a bisubstrate inhibitor, Goblin1 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / INVERTING GT-B ENZYME / BI-SUBSTRATE ANALOG INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / O-GlcNAc転移酵素 / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of necroptotic process / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation ...protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / O-GlcNAc転移酵素 / regulation of insulin receptor signaling pathway / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / acetylglucosaminyltransferase activity / regulation of necroptotic process / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of stem cell population maintenance / protein O-linked glycosylation / NSL complex / : / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of glycolytic process / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of synapse assembly / regulation of gluconeogenesis / positive regulation of stem cell population maintenance / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of proteolysis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / マイトファジー / 造血 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone acetyltransferase complex / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling / response to nutrient / negative regulation of cell migration / positive regulation of translation / cell projection / cellular response to glucose stimulus / ミトコンドリア / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / response to insulin / Regulation of necroptotic cell death / protein processing / chromatin DNA binding / UCH proteinases / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / HATs acetylate histones / glutamatergic synapse / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Schimpl, M. / Gundogdu, M. / van Aalten, D.M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014 タイトル: Bisubstrate Udp-Peptide Conjugates as Human O-Glcnac Transferase Inhibitors. 著者: Borodkin, V.S. / Schimpl, M. / Gundogdu, M. / Rafie, K. / Dorfmueller, H.C. / Robinson, D.A. / Van Aalten, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cdr.cif.gz | 549.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cdr.ent.gz | 450.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cdr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cdr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ay6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 312 - 1028 / Label seq-ID: 4 - 720
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80974.508 Da / 分子数: 4 / 断片: TPR AND CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 323-1041 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ARCTIC EXPRESS RIL / 参照: UniProt: O15294, O-GlcNAc転移酵素 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-UDP / 構成要素の詳細 | GOBLIN1 IS AN ENZYME INHIBITOR GROUP: 1 NAME: GOBLIN1 CHAIN: F, E COMPONENT_1: GOBLIN1 PEPTIDE, ...GOBLIN1 IS AN ENZYME INHIBITOR GROUP: 1 NAME: GOBLIN1 CHAIN: F, E COMPONENT_1: GOBLIN1 PEPTIDE, RESIDUES 1 TO 9 DESCRIPTIO | 配列の詳細 | N-TERMINAL SEQUENCE GPGS IS A CLONING ARTIFACT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 9.3 / 詳細: 1.45 M K2HPO4, 10 MM EDTA, 1% XYLITOL, pH 9.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.981 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.981 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→30 Å / Num. obs: 104870 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.3 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AY6 解像度: 3.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 14.277 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.875 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 715-718 AND 747-761 ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.631 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→30 Å
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拘束条件 |
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