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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lrx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the C-terminal domain (residues 78-226) of PF1911 hydrogenase from Pyrococcus furiosus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR246A | ||||||
要素 | Putative hydrogenaseヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / alpha-beta protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target PfR246A 著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lrx.cif.gz | 162.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lrx.ent.gz | 135.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lrx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | In the crystal, the protein forms a hexamer, whereas in the solution it is a dimer according to the static light scattering data. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18184.924 Da / 分子数: 6 / 断片: sequence database residues 78-226 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF1911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic 参照: UniProt: Q8TZS3, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 100mM Hepes (pH 7), 18% PEG3350, and 100mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 45438 / Num. obs: 43303 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4201 / Rsym value: 0.396 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 268568.562 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.98 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
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