- PDB-2ar0: Crystal structure of Type I restriction enzyme EcoKI M protein (E... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2ar0
タイトル
Crystal structure of Type I restriction enzyme EcoKI M protein (EC 2.1.1.72) (M.EcoKI)
要素
Type I restriction enzyme EcoKI M protein
キーワード
TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / NYSGXRC / T824 / Q9PNP0 Restriction modification enzyme / Type I restriction enzyme EcoKI M protein / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報
type I site-specific deoxyribonuclease complex / N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能
N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / フェリチン / Vaccinia Virus protein VP39 ...N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / フェリチン / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
Type I restriction enzyme EcoKI methylase subunit 類似検索 - 構成要素
タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日 / 詳細: Focussing mirrors down stream of monochromator
放射
モノクロメーター: FLAT DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 70488 / Num. obs: 70488 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.22 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique all: 7016 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 95.7
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
SOLVE
位相決定
CNS
1.1
精密化
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 168223.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: See REMARK 400 for details on un-observed residues in electron density map