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- PDB-2abm: Crystal Structure of Aquaporin Z Tetramer Reveals both Open and C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2abm
タイトルCrystal Structure of Aquaporin Z Tetramer Reveals both Open and Closed Water-conducting Channels
要素Aquaporin Z
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / AQUAPORIN (アクアポリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / intracellular water homeostasis / water transport / response to osmotic stress / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ホスホグリセリン酸 / Chem-AGA / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / リン酸塩 / Chem-POQ / Aquaporin Z
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jiang, J. / Daniels, B.V. / Fu, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of AqpZ Tetramer Reveals Two Distinct Arg-189 Conformations Associated with Water Permeation through the Narrowest Constriction of the Water-conducting Channel.
著者: Jiang, J. / Daniels, B.V. / Fu, D.
履歴
登録2005年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年8月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS M 1 A 1 .. 227 E 1 .. 227 0.162 M 1 B 1 .. 227 F 1 .. 227 0.170 M 1 C 1 .. 227 G 1 .. 227 0.156 M 1 D 1 .. 227 H 1 .. 227 0.158 WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK:
Remark 600HETEROGEN ATOMS FOR SEVERAL LIGANDS WERE MISSING IN THE DENSITY. THE LIGANDS IN QUESTION ARE: BGL ...HETEROGEN ATOMS FOR SEVERAL LIGANDS WERE MISSING IN THE DENSITY. THE LIGANDS IN QUESTION ARE: BGL 604, 608, 605, 609. PEE 602, 606, 612, 613 AGA 629, 639. PEE 603, 607, 611.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,42028
ポリマ－189,7418
非ポリマー8,67920
水9,710539
1
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,45015
ポリマ－94,8714
非ポリマー4,57911
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16820 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
2
E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,97113
ポリマ－94,8714
非ポリマー4,1009
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17450 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
3
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
ヘテロ分子

E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子

E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)396,84156
ポリマ－379,48316
非ポリマー17,35840
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation5_565-x,y+1,-z1
Buried area73490 Å2
ΔGint-794 kcal/mol
Surface area102610 Å2
手法PISA
4
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
ヘテロ分子

E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子

E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)396,84156
ポリマ－379,48316
非ポリマー17,35840
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/41
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation8_565-y,-x+1,-z+1/41
Buried area73250 Å2
ΔGint-795 kcal/mol
Surface area102860 Å2
手法PISA
5
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)396,84156
ポリマ－379,48316
非ポリマー17,35840
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/41
Buried area81580 Å2
ΔGint-848 kcal/mol
Surface area94520 Å2
手法PISA
6
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)396,84156
ポリマ－379,48316
非ポリマー17,35840
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area81410 Å2
ΔGint-847 kcal/mol
Surface area94690 Å2
手法PISA
7
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
C: Aquaporin Z
D: Aquaporin Z
ヘテロ分子

E: Aquaporin Z
F: Aquaporin Z
G: Aquaporin Z
H: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,42028
ポリマ－189,7418
非ポリマー8,67920
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area35180 Å2
ΔGint-392 kcal/mol
Surface area52880 Å2
手法PISA
8


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39140 Å2
ΔGint-419 kcal/mol
Surface area48920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.152, 119.152, 380.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.57467, 0.81768, -0.03404), (0.81778, -0.57535, -0.01457), (-0.0315, -0.01946, -0.99931)
ベクター: 8.86685, -14.5761, 47.9516)
詳細The second tetramer (E,F,G,H) and the first tetramer (A,B,C,D) are related by a non-crystallographic 2-fold symmetry as rotation=( 0.57467 0.81768 -0.03404 ) ( 0.81778 -0.57535 -0.01457 ) ( -0.03150 -0.01946 -0.99931 ) translation=( 8.86685 -14.57612 47.95166 )

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Aquaporin Z / Bacterial nodulin-like intrinsic protein


分子量: 23717.662 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aqpZ, bniP / プラスミド: pLysS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P60844
#2: 糖
ChemComp-BGL / 2-O-octyl-beta-D-glucopyranose / 2-O-octyl-beta-D-glucose / 2-O-octyl-D-glucose / 2-O-octyl-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-D-Glcp2octylIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 555分子

#3: 化合物 ChemComp-POQ / BIS(((3S,4S,5R,6R)-5-(ETHYL(PHOSPHORYLOXY))-3,4,6-TRIHYDROXY-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL)METHYL) HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 638.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H33O20P3
#4: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸 / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#7: 化合物 ChemComp-AGA / (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE / PHOSPHATIDYL GLYCEROL


分子量: 455.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O10P
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 16% PEG3350, 0.75%beta-OG, 20% glycerol, 0.064 M Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 46497 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.012 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2239 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1fx8

1fx8


解像度: 3.2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 35679.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2143 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.2 ---
obs0.186 43046 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.2004 Å2 / ksol: 0.353831 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.35 Å20 Å20 Å2
2--6.35 Å20 Å2
3----12.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.31 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13144 0 263 539 13946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.542.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 309 4.6 %
Rwork0.287 6370 -
obs-6370 91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4og.parog.top

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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