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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u6a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Broadly Neutralizing Anti-HIV Fab F105 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN (抗体) / FAB / F105 / GP120 (Gp120 (HIV)) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Wilkinson, R.A. / Piscitelli, C. / Teintze, M. / Lawrence, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2005 タイトル: Structure of the Fab fragment of F105, a broadly reactive anti-human immunodeficiency virus (HIV) antibody that recognizes the CD4 binding site of HIV type 1 gp120. 著者: Wilkinson, R.A. / Piscitelli, C. / Teintze, M. / Cavacini, L.A. / Posner, M.R. / Lawrence, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u6a.cif.gz | 96.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u6a.ent.gz | 72.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2fgwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23495.043 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: Expression: EPSTEIN-BARR VIRUS IMMORTALIZED B-CELL CLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER 参照: UniProt: Q6PIL8*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 23757.689 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: Expression: EPSTEIN-BARR VIRUS IMMORTALIZED B-CELL CLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER 参照: UniProt: Q6N089 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, ISOPROPANOL, NACL, NA-CITRATE, PEPTIDE 44 (RLTPEPDD-NH2), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月25日 / 詳細: OSMIC BLUE |
放射 | モノクロメーター: NI MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.81→20 Å / Num. all: 13404 / Num. obs: 13338 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.81→2.9 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1292 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 2fgw 解像度: 2.81→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1990470.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.4035 Å2 / ksol: 0.312196 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.81→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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