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- PDB-1tzg: Crystal structure of HIV-1 neutralizing human Fab 4E10 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tzg
タイトルCrystal structure of HIV-1 neutralizing human Fab 4E10 in complex with a 13-residue peptide containing the 4E10 epitope on gp41
要素
  • (Fab 4E10) x 2
  • Envelope polyprotein GP160
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody-epitope complex
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cardoso, R.M.F. / Zwick, M.B. / Stanfield, R.L. / Kunert, R. / Binley, J.M. / Katinger, H. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2005
タイトル: Broadly Neutralizing Anti-HIV Antibody 4E10 Recognizes a Helical Conformation of a Highly Conserved Fusion-Associated Motif in gp41
著者: Cardoso, R.M.F. / Zwick, M.B. / Stanfield, R.L. / Kunert, R. / Binley, J.M. / Katinger, H. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for the protein chains in this ...SEQUENCE A suitable database reference sequence could not be found for the protein chains in this structure at the time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 4E10
H: Fab 4E10
M: Fab 4E10
I: Fab 4E10
P: Envelope polyprotein GP160
Q: Envelope polyprotein GP160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0189
ポリマ－98,7426
非ポリマー2763
水11,025612
1
L: Fab 4E10
H: Fab 4E10
P: Envelope polyprotein GP160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6476
ポリマ－49,3713
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21270 Å2
手法PISA
2
M: Fab 4E10
I: Fab 4E10
Q: Envelope polyprotein GP160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3713
ポリマ－49,3713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
3
L: Fab 4E10
H: Fab 4E10
P: Envelope polyprotein GP160
ヘテロ分子

M: Fab 4E10
I: Fab 4E10
Q: Envelope polyprotein GP160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0189
ポリマ－98,7426
非ポリマー2763
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444x-1/2,y-1/2,z-11
Buried area11360 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area40370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.300, 45.100, 198.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit contains two biological units (2 Fab-peptide complexes)

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要素

#1: 抗体 Fab 4E10


分子量: 23292.705 Da / 分子数: 2 / 断片: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab 4E10


分子量: 24424.518 Da / 分子数: 2 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Envelope polyprotein GP160 / GP41


分子量: 1653.837 Da / 分子数: 2 / 断片: Transmembrane glycoprotein / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 8000, sodium acetate, hexamine cobalt trichloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979126 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月21日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 61572 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4037 / Rsym value: 0.371 / % possible all: 61.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HKL

1hkl


解像度: 2.2→43 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3091 -random
Rwork0.217 ---
all-61322 --
obs-61322 93.2 %-
溶媒の処理Bsol: 42.178 Å2 / ksol: 0.329003 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.361 Å20 Å2-0.955 Å2
2---4.981 Å20 Å2
3---3.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6904 0 18 612 7534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0572
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8992.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 394 -
Rwork0.265 --
obs-7638 70.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2glycerol.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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