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万見
- PDB-1sie: MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sie
タイトルMURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE
要素POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
キーワードVIRUS (ウイルス) / COAT PROTEIN / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Stehle, T. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of murine polyomavirus in complex with straight-chain and branched-chain sialyloligosaccharide receptor fragments.
著者: Stehle, T. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Simian Virus 40 Refined at 3.1 Angstroms Resolution
著者: Stehle, T. / Gamblin, S.J. / Yan, Y. / Harrison, S.C.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Determination of Simian Virus 40 and Murine Polyomavirus by a Combination of 5-Fold and 30-Fold Electron Density Averaging
著者: Yan, Y. / Stehle, T. / Liddington, R.C. / Zhao, H.C. / Harrison, S.C.
履歴
登録1995年12月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
B: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
C: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
D: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
E: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
F: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,22612
ポリマ－254,4316
非ポリマー5,7956
水0
1
A: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
B: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
C: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
D: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
E: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
F: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,613,548720
ポリマ－15,265,839360
非ポリマー347,709360
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
B: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
C: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
D: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
E: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
F: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.3 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,301,12960
ポリマ－1,272,15330
非ポリマー28,97630
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
B: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
C: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
D: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
E: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
F: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.56 MDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,561,35572
ポリマ－1,526,58436
非ポリマー34,77136
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
B: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
C: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
D: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
E: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
F: POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1
ヘテロ分子
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.3 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,301,12960
ポリマ－1,272,15330
非ポリマー28,97630
水0
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
point symmetry operation5
単位格子
Length a, b, c (Å)570.000, 570.000, 570.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
詳細SPACE GROUP I23, A=570 ANG. THERE ARE TWO VIRIONS PER UNIT CELL AND 30 VP1 MONOMERS IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. IN THIS STRUCTURE THERE ARE INVADING ARMS OF SYMMETRY-RELATED NEIGHBORING MONOMERS THAT INVADE THE REFERENCE PENTAMER. IN REFINEMENT, THE AUTHORS USED RESIDUES 337 TO THE C-TERMINUS FROM THE SYMMETRY-RELATED MONOMERS. IN THIS ENTRY, RESIDUES 337 TO THE C-TERMINUS ARE PRESENTED AS THE ACTUAL ARM OF THE MONOMER (THAT INVADES ANOTHER PENTAMER). BECAUSE THE REFINEMENT DID NOT USE A BOND BETWEEN RESIDUES 336 AND 337 (BECAUSE THEY BELONGED TO DIFFERENT CHAINS), THE GEOMETRY OF THAT BOND IS NOT ACCURATE. A STRICT PENTAMER SURROUNDED BY FIVE LOCAL PENTAMERS CONSTITUTES THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. APPLICATION OF THE FIRST FIVE MATRICES TO THE COORDINATE SET GENERATES THAT CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質
POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1


分子量: 42405.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mouse polyomavirus (strain p16 small-plaque) (ウイルス)
属: Polyomavirusポリオーマウイルス科 / 生物種: Murine polyomavirus / 株: SMALL-PLAQUE P16 / 参照: UniProt: P49302
#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 965.858 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3[DNeup5Aca2-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-3/a3-b1_a6-d2_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-8 mg/mlvirus1drop
210 mMHEPES1drop
30.25-0.3 Msodium sulfate1drop
42.5-5 %(v/v)glycerol1drop
50.55-0.6 Msodium sulfate1reservoir
610 mMHEPES1reservoir
75-10 %glycerol1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.65→12 Å / Num. obs: 244414 / % possible obs: 74 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.65→12 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 --
Rwork0.244 --
obs0.244 244414 74 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16745 0 396 0 17141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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