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- EMDB-42580: Glycine-bound GluN1a-3A LBD heterotetramer (local refinement) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42580
タイトルGlycine-bound GluN1a-3A LBD heterotetramer (local refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: Glycine-bound GluN1-3A LBD heterotetramer (local refinement)
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
キーワードChannel / receptor (受容体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic spine development / excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / propylene metabolic process / response to glycine / glutamate-gated calcium ion channel activity / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / glutamate receptor activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins ...negative regulation of dendritic spine development / excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / propylene metabolic process / response to glycine / glutamate-gated calcium ion channel activity / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / glutamate receptor activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / glutamate binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / glycine binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / dendrite development / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic cation transmembrane transport / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 長期増強 / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / excitatory synapse / calcium ion homeostasis / prepulse inhibition / synaptic cleft / EPHB-mediated forward signaling / excitatory postsynaptic potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of membrane potential / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / protein phosphatase 2A binding / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / brain development / regulation of synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / visual learning / calcium channel activity / terminal bouton / rhythmic process / calcium ion transport / シナプス小胞 / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / RAF/MAP kinase cascade / postsynaptic membrane / response to ethanol / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / calmodulin binding / neuron projection / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Michalski K / Furukawa H
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS11745 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH085926 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)F32MH121061 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NS113632 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structure and function of GluN1-3A NMDA receptor excitatory glycine receptor channel.
著者: Kevin Michalski / Hiro Furukawa /
要旨: -methyl-d-aspartate receptors (NMDARs) and other ionotropic glutamate receptors (iGluRs) mediate most of the excitatory signaling in the mammalian brains in response to the neurotransmitter glutamate. ...-methyl-d-aspartate receptors (NMDARs) and other ionotropic glutamate receptors (iGluRs) mediate most of the excitatory signaling in the mammalian brains in response to the neurotransmitter glutamate. Uniquely, NMDARs composed of GluN1 and GluN3 are activated exclusively by glycine, the neurotransmitter conventionally mediating inhibitory signaling when it binds to pentameric glycine receptors. The GluN1-3 NMDARs are vital for regulating neuronal excitability, circuit function, and specific behaviors, yet our understanding of their functional mechanism at the molecular level has remained limited. Here, we present cryo-electron microscopy structures of GluN1-3A NMDARs bound to an antagonist, CNQX, and an agonist, glycine. The structures show a 1-3-1-3 subunit heterotetrameric arrangement and an unprecedented pattern of GluN3A subunit orientation shift between the glycine-bound and CNQX-bound structures. Site-directed disruption of the unique subunit interface in the glycine-bound structure mitigated desensitization. Our study provides a foundation for understanding the distinct structural dynamics of GluN3 that are linked to the unique function of GluN1-3 NMDARs.
履歴
登録2023年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.266
最小 - 最大-1.5074983 - 2.4032974
平均 (標準偏差)-0.000003894947 (±0.038950413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 342.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42580_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42580_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glycine-bound GluN1-3A LBD heterotetramer (local refinement)

全体名称: Glycine-bound GluN1-3A LBD heterotetramer (local refinement)
要素
  • 複合体: Glycine-bound GluN1-3A LBD heterotetramer (local refinement)
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

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超分子 #1: Glycine-bound GluN1-3A LBD heterotetramer (local refinement)

超分子名称: Glycine-bound GluN1-3A LBD heterotetramer (local refinement)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.902477 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: STRLKIVTIH QEPFVYVKPT MSDGTCKEEF TVNGDPVKKV ICTGPNDTSP GSPRHTVPQC CYGFCIDLLI KLARTMNFTY EVHLVADGK FGTQERVNNS NKKEWNGMMG ELLSGQADMI VAPLTINNER AQYIEFSKPF KYQGLTILVK KEIPRSTLDS F MQPFQSTL ...文字列:
STRLKIVTIH QEPFVYVKPT MSDGTCKEEF TVNGDPVKKV ICTGPNDTSP GSPRHTVPQC CYGFCIDLLI KLARTMNFTY EVHLVADGK FGTQERVNNS NKKEWNGMMG ELLSGQADMI VAPLTINNER AQYIEFSKPF KYQGLTILVK KEIPRSTLDS F MQPFQSTL WLLVGLSVHV VAVMLYLLDR FSPFGRFKVN SEEEEEDALT LSSAMWFSWG VLLNSGIGEG APRSFSARIL GM VWAGFAM IIVASYTANL AAFLVLDRPE ERITGINDPR LRNPSDKFIY ATVKQSSVDI YFRRQVELST MYRHMEKHNY ESA AEAIQA VRDNKLHAFI WDSAVLEFEA SQKCDLVTTG ELFFRSGFGI GMRKDSPWKQ NVSLSILKSH ENGFMEDLDK TWVR YQEC

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

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分子 #2: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.53532 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SKLHLRVVTL IEHPFVFTRE VDDEGLCPAG QLCLDPMTND SSTLDSLFSS LHSSNDTVPI KFKKCCYGYC IDLLEKIAED MNFDFDLYI VGDGKYGAWK NGHWTGLVGD LLRGTAHMAV TSFSINTARS QVIDFTSPFF STSLGILVRT RDTAAPIGAF M WPLHWTMW ...文字列:
SKLHLRVVTL IEHPFVFTRE VDDEGLCPAG QLCLDPMTND SSTLDSLFSS LHSSNDTVPI KFKKCCYGYC IDLLEKIAED MNFDFDLYI VGDGKYGAWK NGHWTGLVGD LLRGTAHMAV TSFSINTARS QVIDFTSPFF STSLGILVRT RDTAAPIGAF M WPLHWTMW LGIFVALHIT AVFLTLYEWK SPFGLTPKGR NRSKVFSFSS ALNICYALLF GRTVAIKPPK CWTGRFLMNL WA IFCMFCL STYTANLAAV MVGEKIYEEL SGIHDPKLHH PSQGFRFGTV RESSAEDYVR QSFPEMHEYM RRYNVPATPD GVE YLKNDP EKLDAFIMDK ALLDYEVSID ADCKLLTVGK PFAIEGYGIG LPPNSPLTAN ISELISQYKS HGFMDMLHDK WYRV VPC

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 3A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225900

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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