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- PDB-3jb4: Structure of Ljungan virus: insight into picornavirus packaging -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jb4
タイトルStructure of Ljungan virus: insight into picornavirus packaging
要素
  • VP0
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS (ウイルス) / picornaviruses / assembly / pathogen (病原体)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / picornain 3C / host cell cytoplasmic vesicle membrane / カプシド / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity ...host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / picornain 3C / host cell cytoplasmic vesicle membrane / カプシド / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain profile. / LRAT domain / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid ...Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain profile. / LRAT domain / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ljungan virus 87-012 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhu, L. / Wang, X.X. / Ren, J.S. / Porta, C. / Wenham, H. / Ekstrom, J.-O. / Panjwani, A. / Knowles, N.J. / Kotecha, A. / Siebert, A. ...Zhu, L. / Wang, X.X. / Ren, J.S. / Porta, C. / Wenham, H. / Ekstrom, J.-O. / Panjwani, A. / Knowles, N.J. / Kotecha, A. / Siebert, A. / Lindberg, M. / Fry, E.E. / Rao, Z.H. / Tuthill, T.J. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of Ljungan virus provides insight into genome packaging of this picornavirus.
著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Claudine Porta / Hannah Wenham / Jens-Ola Ekström / Anusha Panjwani / Nick J Knowles / Abhay Kotecha / C Alistair Siebert / A Michael Lindberg / ...著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Claudine Porta / Hannah Wenham / Jens-Ola Ekström / Anusha Panjwani / Nick J Knowles / Abhay Kotecha / C Alistair Siebert / A Michael Lindberg / Elizabeth E Fry / Zihe Rao / Tobias J Tuthill / David I Stuart /
要旨: Picornaviruses are responsible for a range of human and animal diseases, but how their RNA genome is packaged remains poorly understood. A particularly poorly studied group within this family are ...Picornaviruses are responsible for a range of human and animal diseases, but how their RNA genome is packaged remains poorly understood. A particularly poorly studied group within this family are those that lack the internal coat protein, VP4. Here we report the atomic structure of one such virus, Ljungan virus, the type member of the genus Parechovirus B, which has been linked to diabetes and myocarditis in humans. The 3.78-Å resolution cryo-electron microscopy structure shows remarkable features, including an extended VP1 C terminus, forming a major protuberance on the outer surface of the virus, and a basic motif at the N terminus of VP3, binding to which orders some 12% of the viral genome. This apparently charge-driven RNA attachment suggests that this branch of the picornaviruses uses a different mechanism of genome encapsidation, perhaps explored early in the evolution of picornaviruses.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6394
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6394
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP0
C: VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0023
ポリマ－89,0023
非ポリマー00
水0
1
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,340,137180
ポリマ－5,340,137180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 445 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,01115
ポリマ－445,01115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: VP1
B: VP0
C: VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 534 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)534,01418
ポリマ－534,01418
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33091.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 504-800 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 87-012 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): kidney (Vero) cell / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8JV21
#2: タンパク質 VP0


分子量: 28237.660 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 87-012 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): kidney (Vero) cell / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8JV21
#3: タンパク質 VP3


分子量: 27672.650 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 260-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 87-012 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): kidney (Vero) cell / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8JV21

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ljungan virus (type: 87-012) / タイプ: VIRUS
分子量値: 6 MDa / 実験値: YES
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Rodentia
緩衝液名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Grids with adsorbed viruses were floated on 1% w/v uranyl acetate for 20 seconds.
試料支持詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow-discharged in amylamine atmosphere
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %
詳細: Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III).
手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2015年2月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification.
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: FEI
画像スキャンデジタル画像の数: 288

-
解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5558 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.35 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.35 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) / クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.8→129.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 18.956 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.361
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3133 2715 4.5 %RANDOM
Rwork0.297 ---
obs0.2978 57920 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso max: 167.82 Å2 / Biso mean: 70.53 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å2-1.75 Å2-0.46 Å2
2--0.87 Å21.22 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→129.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5272 0 0 0 5272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.9227243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04311134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0465672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.70222.818220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.84815764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7361532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4296.8582697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4296.8582696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.77810.283366
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.702 210 -
Rwork0.668 4304 -
all-4514 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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