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- PDB-8wxe: Vgamma5Vdelta1 EH TCR-CD3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wxe
タイトルVgamma5Vdelta1 EH TCR-CD3 complex
要素
  • (Signal peptide,flag tag,T cell receptor ...) x 2
  • (T-cell surface glycoprotein CD3 ...) x 4
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunity / receptor (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Fc-gamma receptor signaling pathway / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of protein localization to cell surface / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / dendrite development / positive regulation of interleukin-4 production / Generation of second messenger molecules / alpha-beta T cell activation / 免疫シナプス / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / small molecule binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of T cell proliferation / T cell receptor binding / protein tyrosine kinase binding / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / cerebellum development / T細胞 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / SH3 domain binding / peptide antigen binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor complex adaptor activity / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / protein complex oligomerization / Clathrin-mediated endocytosis / cell body / T cell receptor signaling pathway / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / 獲得免疫系 / 樹状突起スパイン / cell surface receptor signaling pathway / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / ゴルジ体 / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / T cell receptor gamma variable 5 / T cell receptor delta variable 1 / T cell receptor delta constant / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T cell receptor gamma constant 1 / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Xin, W. / Huang, B. / Chi, X. / Xu, M. / Zhang, Y. / Li, X. / Su, Q. / Zhou, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32022037 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structures of human γδ T cell receptor-CD3 complex.
著者: Weizhi Xin / Bangdong Huang / Ximin Chi / Yuehua Liu / Mengjiao Xu / Yuanyuan Zhang / Xu Li / Qiang Su / Qiang Zhou /
要旨: Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a ...Gamma delta (γδ) T cells, a unique T cell subgroup, are crucial in various immune responses and immunopathology. The γδ T cell receptor (TCR), which is generated by γδ T cells, recognizes a diverse range of antigens independently of the major histocompatibility complex. The γδ TCR associates with CD3 subunits, initiating T cell activation and holding great potential in immunotherapy. Here we report the structures of two prototypical human Vγ9Vδ2 and Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complexes, revealing two distinct assembly mechanisms that depend on Vγ usage. The Vγ9Vδ2 TCR-CD3 complex is monomeric, with considerable conformational flexibility in the TCRγ-TCRδ extracellular domain and connecting peptides. The length of the connecting peptides regulates the ligand association and T cell activation. A cholesterol-like molecule wedges into the transmembrane region, exerting an inhibitory role in TCR signalling. The Vγ5Vδ1 TCR-CD3 complex displays a dimeric architecture, whereby two protomers nestle back to back through the Vγ5 domains of the TCR extracellular domains. Our biochemical and biophysical assays further corroborate the dimeric structure. Importantly, the dimeric form of the Vγ5Vδ1 TCR is essential for T cell activation. These findings reveal organizing principles of the γδ TCR-CD3 complex, providing insights into the unique properties of γδ TCR and facilitating immunotherapeutic interventions.
履歴
登録2023年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
b: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
d: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
e: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
f: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
g: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
m: Signal peptide,flag tag,T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant
n: Signal peptide,flag tag,T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,8209
ポリマ－201,4338
非ポリマー3871
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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T-cell surface glycoprotein CD3 ... , 4種, 6分子 abdefg

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 21809.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 165-167: linker 168-195: twin-Strep tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD247, CD3Z, T3Z, TCRZ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20963
#2: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell receptor T3 delta chain


分子量: 18949.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3D, T3D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04234
#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 23174.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07766
#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell receptor T3 gamma chain


分子量: 20493.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09693

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Signal peptide,flag tag,T cell receptor ... , 2種, 2分子 mn

#5: タンパク質 Signal peptide,flag tag,T cell receptor delta variable 1,T cell receptor delta constant


分子量: 34320.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1-22: signal peptide, 23-31: Flag tag, 38-131: A0A1B0GX56, 155-307: B7Z8K6
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRDV1, TRDC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1B0GX56, UniProt: B7Z8K6
#6: タンパク質 Signal peptide,flag tag,T cell receptor gamma variable 5,T cell receptor gamma constant 1


分子量: 37702.062 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y106E,R120H / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1-22: signal peptide, 23-31: Flag tag, 38-137: UniprotKB ID A0A0B4J1U4, 159-331: UniprotKB ID P0CF51 with Y106E and R120H
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV5, TCRGV5, TRGC1, TCRGC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4J1U4, UniProt: P0CF51

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T cell receptor delta 1 gamma 5 EH mutant / タイプ: COMPLEX / 詳細: Y106E and R120H in TCR gamma 5 chain / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 342095 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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