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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gj2 | ||||||
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タイトル | E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / clamp loader / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oakley, A.J. / Xu, Z.-Q. / Dixon, N.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterisation of the complete cycle of sliding clamp loading in E. coli 著者: Xu, Z.-Q. / Oakley, A.J. / Dixon, N.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 815.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40083MC ![]() 8giyC ![]() 8gizC ![]() 8gj0C ![]() 8gj1C ![]() 8gj3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA polymerase III subunit ... , 4種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 38745.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 71228.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | ![]() 分子量: 36980.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 15188.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DNA polymerase III subunit psi / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 2分子 HI
#5: タンパク質 | 分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#6: DNA鎖 | 分子量: 7097.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 10063.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 13分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ALF.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ALF.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: 化合物 | ![]() #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA タイプ: COMPLEX 詳細: Clamp loader complex composed of DNA polymerase III delta tau(3) delta' chi and psi subunits. Clamp composed of DNA polymerase III beta(2) subunits. Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.419 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: 30 microL of 6.0 microM delta/tau3/delta' complex was mixed with chi/psi complex, beta, and p/t DNA (annealed DNA oligonucleotides) at a molar ratio of 1:1.3 and dialysed at 4 degrees C ...詳細: 30 microL of 6.0 microM delta/tau3/delta' complex was mixed with chi/psi complex, beta, and p/t DNA (annealed DNA oligonucleotides) at a molar ratio of 1:1.3 and dialysed at 4 degrees C against 250 mL of 30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Used a Zepto Low-pressure plasma systems (PLASMA CLEANER) (Diener Electronic) at 10% power for 120 seconds. グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K 詳細: 3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1703 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | 詳細: CTF refinement per-particle was performed in RELION before final 3D reconstruction. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 600000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 452000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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