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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ei4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the WWP1 HECT domain in complex with H302, a Helicon Polypeptide | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / complex / stapled peptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / central nervous system development / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase complex / Downregulation of ERBB4 signaling / monoatomic ion transmembrane transport / central nervous system development / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / negative regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Verdine, G.L. / McGee, J.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Recognition and reprogramming of E3 ubiquitin ligase surfaces by alpha-helical peptides. 著者: Tokareva, O.S. / Li, K. / Travaline, T.L. / Thomson, T.M. / Swiecicki, J.M. / Moussa, M. / Ramirez, J.D. / Litchman, S. / Verdine, G.L. / McGee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ei4.cif.gz | 95.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ei4.ent.gz | 69.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ei4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8ei4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8ei4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ehzC 8ei0C 8ei1C 8ei2C 8ei3C 8ei5C 8ei6C 8ei7C 8ei8C 8ei9C 8eiaC 8eibC 8eicC 6j1xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44430.895 Da / 分子数: 1 / 断片: HECT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0M0, HECT-type E3 ubiquitin transferase | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1895.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-WHL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 5% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.181 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.181 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→45.18 Å / Num. obs: 16258 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1472 / CC1/2: 0.872 / % possible all: 80.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J1X 解像度: 2.43→45.18 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.15 Å2 / Biso mean: 45.5991 Å2 / Biso min: 18.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.43→45.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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