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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uj1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PSF-RNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-recognition motif / DNA binding (デオキシリボ核酸) / transcription regulation / polypyrimidine binding / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Suppression of apoptosis / paraspeckles / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of innate immune response / RNA splicing / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of circadian rhythm ...PTK6 Regulates Proteins Involved in RNA Processing / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / Suppression of apoptosis / paraspeckles / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of innate immune response / RNA splicing / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of circadian rhythm / 転写後修飾 / nuclear matrix / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / クロマチンリモデリング / 自然免疫系 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sachpatzidis, A. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022 タイトル: Insight into the Tumor Suppression Mechanism from the Structure of Human Polypyrimidine Splicing Factor (PSF/SFPQ) Complexed with a 30mer RNA from Murine Virus-like 30S Transcript-1. 著者: Wang, J. / Sachpatzidis, A. / Christian, T.D. / Lomakin, I.B. / Garen, A. / Konigsberg, W.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uj1.cif.gz | 139.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uj1.ent.gz | 104.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/7uj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/7uj1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7uk1C 4wiiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47764.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFPQ, PSF / プラスミド: pCDF11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23246 #2: RNA鎖 | 分子量: 9140.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 26% SOKALAN CP 42. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.5→47.67 Å / Num. obs: 27221 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.465 % / Biso Wilson estimate: 126.644 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.785 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 121547 / Scaling rejects: 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4wii 解像度: 3.5→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 31.534 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 744.89 Å2 / Biso mean: 171.457 Å2 / Biso min: 56.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→47.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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