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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tnx | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RIG-I in complex with p3dsRNA | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / RSV-host interactions / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, W. / Pyle, A.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The RIG-I receptor adopts two different conformations for distinguishing host from viral RNA ligands. 著者: Wenshuai Wang / Anna Marie Pyle / ![]() 要旨: RIG-I is an essential innate immune receptor for detecting and responding to infection by RNA viruses. RIG-I specifically recognizes the unique molecular features of viral RNA molecules and ...RIG-I is an essential innate immune receptor for detecting and responding to infection by RNA viruses. RIG-I specifically recognizes the unique molecular features of viral RNA molecules and selectively distinguishes them from closely related RNAs abundant in host cells. The physical basis for this exquisite selectivity is revealed through a series of high-resolution cryo-EM structures of RIG-I in complex with host and viral RNA ligands. These studies demonstrate that RIG-I actively samples double-stranded RNAs in the cytoplasm and distinguishes them by adopting two different types of protein folds. Upon binding viral RNA, RIG-I adopts a high-affinity conformation that is conducive to signaling, while host RNA induces an autoinhibited conformation that stimulates RNA release. By coupling protein folding with RNA binding selectivity, RIG-I distinguishes RNA molecules that differ by as little as one phosphate group, thereby explaining the molecular basis for selective antiviral sensing and the induction of autoimmunity upon RIG-I dysregulation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26022MC ![]() 7tnyC ![]() 7tnzC ![]() 7to0C ![]() 7to1C ![]() 7to2C ![]() 8dvrC ![]() 8dvsC ![]() 8dvuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 106740.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 7885.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 8216.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of RIG-I with p3dsRNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 61 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正![]() | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 613519 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 150 / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5F9H Accession code: 5F9H / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.54→89.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.648 / SU B: 53.585 / SU ML: 0.784 / ESU R: 1.578 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.896 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 5753 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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