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万見
- PDB-7sem: Structure-based design of prefusion-stabilized human metapneumovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sem
タイトルStructure-based design of prefusion-stabilized human metapneumovirus fusion proteins
要素
  • Fusion glycoprotein F0
  • MPE8 Fab heavy chain
  • MPE8 Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System (ウイルス性) / human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス) / fusion protein (融合タンパク質) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-Immune System complex (ウイルス性)
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rush, S.A. / Hsieh, C.-L. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationF-0003-19620604 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure-based design of prefusion-stabilized human metapneumovirus fusion proteins.
著者: Hsieh, C.L. / Rush, S.A. / Palomo, C. / Chou, C.W. / Pickens, W. / Mas, V. / McLellan, J.S.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MPE8 Fab heavy chain
F: Fusion glycoprotein F0
C: MPE8 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7796
ポリマ－107,1153
非ポリマー6643
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.169, 45.560, 176.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.210, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z

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要素

#1: 抗体 MPE8 Fab heavy chain


分子量: 23985.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 60357.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス)
Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H6X1Z0
#3: 抗体 MPE8 Fab light chain


分子量: 22772.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 nl of the complex (5.4 mg/ml) with 50 nl of reservoir solution containing 10% (v/v) isopropanol, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 20% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.95 Å / Num. obs: 54115 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 39.35 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4437 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.542

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5wb0, 5u68

5wb0

5u68


解像度: 2.2→43.95 Å / SU ML: 0.2281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2286
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 2545 4.71 %
Rwork0.2165 51528 -
obs0.2176 54073 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 42 173 6595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00846541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10678885
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07071041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01051135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.46272364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.33521530.30042813X-RAY DIFFRACTION98.41
2.24-2.290.27131330.30432923X-RAY DIFFRACTION97.92
2.29-2.340.29941430.28392828X-RAY DIFFRACTION98.18
2.34-2.390.31151390.28342896X-RAY DIFFRACTION98.89
2.39-2.450.32581210.27092819X-RAY DIFFRACTION96.81
2.45-2.520.28151290.25882897X-RAY DIFFRACTION97.52
2.52-2.590.27161530.2692762X-RAY DIFFRACTION96.36
2.59-2.680.28721360.25482712X-RAY DIFFRACTION92.2
2.68-2.770.27441720.2662851X-RAY DIFFRACTION98.92
2.77-2.880.28371480.26222914X-RAY DIFFRACTION98.71
2.88-3.010.30941320.24782884X-RAY DIFFRACTION98.34
3.01-3.170.24451340.24462863X-RAY DIFFRACTION97.4
3.17-3.370.21381560.22272822X-RAY DIFFRACTION96.16
3.37-3.630.23481480.22132777X-RAY DIFFRACTION94.88
3.63-40.22111470.20222943X-RAY DIFFRACTION99.23
4-4.570.1951330.16642957X-RAY DIFFRACTION97.88
4.57-5.760.19491320.17052847X-RAY DIFFRACTION94.81
5.76-43.950.22081360.18113020X-RAY DIFFRACTION96.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04478347494-0.2202983736621.614400150620.426811064678-0.1333686003542.220285152620.09812202231361.021058053140.018554324875-0.311647369794-0.0354653570503-0.01830599079430.05769589674420.308591404267-0.03969215581090.3565276387840.0395904804840.03426509279161.243411094650.01599798328870.3583277245426.68068406732-10.325840842524.576634564
21.387498667560.282989796557-0.3172967361141.09079586109-0.4249471195980.7073993572270.067787769297-0.04444478521380.01856939204240.1839583585690.0109183837528-0.0717602832375-0.02545694943980.01124361124-0.08696912666490.2171087277380.0331722080179-0.03218272272540.25466517132-0.02126411928320.21994093131428.1894732256-14.000409171670.538144058
30.9572095308720.294085776039-0.2905856588910.936348257619-0.3305737113842.27681645852-0.004590913899240.8336568991280.0571699644631-0.296675502002-0.03073634831390.1559734099690.183801732517-0.722694012147-0.007201927953920.267474740930.00477087462315-0.02399998918471.04695068943-0.02566793935250.313717999508-9.36587306742-14.100077698131.4350882858
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'B' and resid 1 through 214)BA1 - 2141 - 214
22(chain 'F' and resid 19 through 465)FB19 - 4651 - 430
33(chain 'C' and resid 2 through 208)CF2 - 2081 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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