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Yorodumi- PDB-7seg: Crystal structure of the complex of CD16A bound by an anti-CD16A Fab -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7seg | ||||||
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Title | Crystal structure of the complex of CD16A bound by an anti-CD16A Fab | ||||||
Components |
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Keywords | ANTITUMOR PROTEIN / antibody / fragment / CD16a / fab | ||||||
Function / homology | Function and homology information immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...immune receptor activity / low-affinity IgG receptor activity / IgG receptor activity / natural killer cell degranulation / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / macrophage activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / positive regulation of natural killer cell proliferation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.156 Å | ||||||
Authors | Kiefer, J.R. / Wallweber, H.A. / Polson, A.G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Leukemia / Year: 2022 Title: A BCMA/CD16A bispecific innate cell engager for the treatment of multiple myeloma. Authors: Kakiuchi-Kiyota, S. / Ross, T. / Wallweber, H.A. / Kiefer, J.R. / Schutten, M.M. / Adedeji, A.O. / Cai, H. / Hendricks, R. / Cohen, S. / Myneni, S. / Liu, L. / Fullerton, A. / Corr, N. / Yu, ...Authors: Kakiuchi-Kiyota, S. / Ross, T. / Wallweber, H.A. / Kiefer, J.R. / Schutten, M.M. / Adedeji, A.O. / Cai, H. / Hendricks, R. / Cohen, S. / Myneni, S. / Liu, L. / Fullerton, A. / Corr, N. / Yu, L. / de Almeida Nagata, D. / Zhong, S. / Leong, S.R. / Li, J. / Nakamura, R. / Sumiyoshi, T. / Li, J. / Ovacik, A.M. / Zheng, B. / Dillon, M. / Spiess, C. / Wingert, S. / Rajkovic, E. / Ellwanger, K. / Reusch, U. / Polson, A.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7seg.cif.gz | 477.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7seg.ent.gz | 389.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7seg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/7seg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/7seg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 14ejS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules DC
#3: Protein | Mass: 20456.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FCGR3A, CD16A, FCG3, FCGR3, IGFR3 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): Tni Pro / References: UniProt: P08637 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules LBHA
#1: Antibody | Mass: 25662.602 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): 69F8 #2: Antibody | Mass: 26649.020 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): 69F8 |
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-Sugars , 2 types, 4 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#6: Sugar |
-Non-polymers , 2 types, 199 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GOL / |
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#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.2M MgCl2, 0.01M Betaine HCl, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 24, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.33 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→35 Å / Num. obs: 64779 / % possible obs: 92.8 % / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 184828 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 14EJ Resolution: 2.156→33.885 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 75.31 / Phase error: 35.78 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.51 Å2 / Biso mean: 48.4284 Å2 / Biso min: 23.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.156→33.885 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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