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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7s1t | ||||||
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タイトル | Structure of the human POT1-TPP1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / POT1 / Telomere (テロメア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of DNA strand elongation / regulation of DNA helicase activity / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / segmentation / urogenital system development / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining ...positive regulation of single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of DNA strand elongation / regulation of DNA helicase activity / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / segmentation / urogenital system development / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / telomeric D-loop binding / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of helicase activity / protection from non-homologous end joining at telomere / telomerase inhibitor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / establishment of protein localization to telomere / positive regulation of DNA helicase activity / telomeric D-loop disassembly / テロメア / Telomere C-strand synthesis initiation / regulation of telomere maintenance via telomerase / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / negative regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance / single-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / telomerase holoenzyme complex / embryonic limb morphogenesis / DNA duplex unwinding / protein localization to chromosome, telomeric region / telomeric DNA binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / DNA polymerase binding / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / positive regulation of telomerase activity / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Meiotic synapsis / telomere maintenance / skeletal system development / intracellular protein transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / chromosome, telomeric region / nuclear body / protein-containing complex binding / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Aramburu, T. / Skordalakes, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022 タイトル: POT1-TPP1 binding stabilizes POT1, promoting efficient telomere maintenance. 著者: Aramburu, T. / Kelich, J. / Rice, C. / Skordalakes, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7s1t.cif.gz | 301.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7s1t.ent.gz | 243.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7s1t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/7s1t | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35446.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POT1 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9NUX5 #2: タンパク質 | 分子量: 9841.022 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACD, PIP1, PTOP, TINT1, TPP1 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q96AP0 #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 and 3.0M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→36.44 Å / Num. obs: 36930 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.32 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / Num. unique obs: 2747 / CC1/2: 0.55 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5UN7 解像度: 2.9→36.44 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 36.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 276.88 Å2 / Biso mean: 76.1356 Å2 / Biso min: 27.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→36.44 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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