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- PDB-7odk: Plant peptide hormone receptor H1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7odk
タイトルPlant peptide hormone receptor H1
要素Receptor-like protein kinase HSL1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Plant receptor LRR pepide hormone
機能・相同性
機能・相同性情報


plant organ development / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-like protein kinase HSL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Santiago, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_173101 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HSL1 and BAM1/2 impact epidermal cell development by sensing distinct signaling peptides.
著者: Roman, A.O. / Jimenez-Sandoval, P. / Augustin, S. / Broyart, C. / Hothorn, L.A. / Santiago, J.
履歴
登録2021年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
BBB: Receptor-like protein kinase HSL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,98246
ポリマ－133,1402
非ポリマー9,84244
水12,106672
1
AAA: Receptor-like protein kinase HSL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,58423
ポリマ－66,5701
非ポリマー5,01422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Receptor-like protein kinase HSL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,39823
ポリマ－66,5701
非ポリマー4,82922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.539, 84.001, 89.061
Angle α, β, γ (deg.)99.178, 113.727, 108.410
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 18 - 600 / Label seq-ID: 7 - 589

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AAAA
2BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Receptor-like protein kinase HSL1 / Protein HAESA-LIKE1


分子量: 66569.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HSL1, At1g28440, F3M18.12 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9SGP2, non-specific serine/threonine protein kinase

-
糖 , 5種, 20分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 696分子

#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M citric acid pH 4.0 30% w/v PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射モノクロメーター: double-channel cut fixed-exit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→47.084 Å / Num. obs: 158310 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
10.02-47.083.50.01396610.0130.019
1.83-1.863.60.5976950.7210.590.834

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IXO

5ixo


解像度: 1.83→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.248 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 8013 5.062 %
Rwork0.2044 150297 -
all0.205 --
obs-158310 97.392 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.287 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.733 Å2-0.079 Å2-0.127 Å2
2--1.131 Å2-1.075 Å2
3---0.443 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8798 0 643 672 10113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0139759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179053
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0760.1134939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.70813290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2831.64120987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.77451368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg34.5232055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.2424.863401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38515.3231581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7851529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.21353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.21748
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.28625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.24769
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.24115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2310.229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1290.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6742.9894759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6742.9884758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2014.4755968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2014.4765969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2053.3185000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2053.3114992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6694.8997322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6694.8877311
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.375109.85137857
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.363109.893137736
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0450.0518705
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.045340.0501
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.045340.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.83-1.8770.2915940.297109220.297119860.7060.70896.07880.295
1.877-1.9290.2815590.283107290.283117220.7330.73996.29760.278
1.929-1.9850.2665550.26104350.26113850.8340.83196.53050.249
1.985-2.0460.2564950.244102690.245111210.8540.8796.78990.229
2.046-2.1130.2515450.23397580.234106340.8740.88796.88730.215
2.113-2.1870.2435160.22796200.228104260.8980.89997.21850.206
2.187-2.2690.2284940.21892270.21899790.9120.91397.41460.197
2.269-2.3610.2294860.21289490.21396620.9170.92697.65060.19
2.361-2.4660.2154910.21284860.21291990.9270.9397.58670.189
2.466-2.5860.2434550.20981620.21188070.9150.9397.84260.185
2.586-2.7250.2234180.20578190.20684150.9330.93497.88470.185
2.725-2.890.244280.20773490.20979480.9270.93497.84850.188
2.89-3.0890.2193870.20869690.20974790.9320.93898.35540.192
3.089-3.3350.2083380.19864420.19969000.9390.94398.26090.19
3.335-3.6520.2113070.19460130.19564410.9440.94898.12140.193
3.652-4.080.1792410.17354140.17457680.9580.9698.04090.182
4.08-4.7050.1682650.15547350.15551130.9670.97197.78990.17
4.705-5.7480.1962070.18140420.18243110.9630.96598.56180.203
5.748-8.0690.2391400.20931790.2133530.9460.95198.9860.228
8.069-47.0840.149920.20417780.20118930.9680.95998.7850.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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