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- PDB-7mh3: Crystal structure of R. sphaeroides Photosynthetic Reaction Cente... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mh3 | |||||||||
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Title | Crystal structure of R. sphaeroides Photosynthetic Reaction Center variant; Y(M210)3-chlorotyrosine | |||||||||
![]() | (Reaction center protein ...![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mathews, I. / Weaver, J.B. / Boxer, S.G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Photosynthetic reaction center variants made via genetic code expansion show Tyr at M210 tunes the initial electron transfer mechanism. Authors: Weaver, J.B. / Lin, C.Y. / Faries, K.M. / Mathews, I.I. / Russi, S. / Holten, D. / Kirmaier, C. / Boxer, S.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 363.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 290.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mh4C ![]() 7mh5C ![]() 7mh8C ![]() 7mh9C ![]() 2j8cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Reaction center protein ... , 3 types, 3 molecules HLM
#1: Protein | ![]() Mass: 28923.246 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | ![]() Mass: 31477.584 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | ![]() Mass: 34598.625 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: 2LT in parentheses is used to denote 3,5-dichlorotyrosine Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 9 types, 329 molecules ![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-LDA / ![]() #5: Chemical | ChemComp-BCL / ![]() #6: Chemical | ![]() #7: Chemical | ![]() #8: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #9: Chemical | ChemComp-FE / | ![]() #10: Chemical | ChemComp-SPO / | #11: Chemical | ChemComp-CDL / | ![]() #12: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1 M potassium phosphate, 3.5% 1,2,3-heptanetriol, and 0.1% LDAO precipitant solution; 1.4-1.5 M potassium phosphate reservoir solution, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 250 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 22, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→39.11 Å / Num. obs: 91797 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 5.276 % / Biso Wilson estimate: 54.371 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 484297 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2j8c Resolution: 2.3→39.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1737 / WRfactor Rwork: 0.1543 / FOM work R set: 0.8726 / SU B: 7.821 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1355 / SU Rfree: 0.1218 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.122 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.59 Å2 / Biso mean: 45.21 Å2 / Biso min: 24.69 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→39.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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