+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kma | ||||||
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Title | Crystal structure of eif2Balpha with a ligand. | ||||||
Components | Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / Translation initiation factor eif-2b / translation factor activity / RNA binding / translation regulator activity / nucleic acid binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / response to glucose / translational initiation / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to peptide hormone / response to heat ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / response to glucose / translational initiation / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to peptide hormone / response to heat / T cell receptor signaling pathway / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Hao, Q. / Remarcik, C. / Stoll, V. / Wong, Y. / Sidrauski, C. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Sugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B. Authors: Qi Hao / Jin-Mi Heo / Boguslaw P Nocek / Kevin G Hicks / Vincent S Stoll / Clint Remarcik / Sean Hackett / Lauren LeBon / Rinku Jain / Dan Eaton / Jared Rutter / Yao Liang Wong / Carmela Sidrauski / Abstract: The multi-subunit translation initiation factor eIF2B is a control node for protein synthesis. eIF2B activity is canonically modulated through stress-responsive phosphorylation of its substrate eIF2. ...The multi-subunit translation initiation factor eIF2B is a control node for protein synthesis. eIF2B activity is canonically modulated through stress-responsive phosphorylation of its substrate eIF2. The eIF2B regulatory subcomplex is evolutionarily related to sugar-metabolizing enzymes, but the biological relevance of this relationship was unknown. To identify natural ligands that might regulate eIF2B, we conduct unbiased binding- and activity-based screens followed by structural studies. We find that sugar phosphates occupy the ancestral catalytic site in the eIF2Bα subunit, promote eIF2B holoenzyme formation and enhance enzymatic activity towards eIF2. A mutant in the eIF2Bα ligand pocket that causes Vanishing White Matter disease fails to engage and is not stimulated by sugar phosphates. These data underscore the importance of allosteric metabolite modulation for proper eIF2B function. We propose that eIF2B evolved to couple nutrient status via sugar phosphate sensing with the rate of protein synthesis, one of the most energetically costly cellular processes. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kma.cif.gz | 968.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kma.ent.gz | 722.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kma.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kma | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7kmfC 3ecsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34663.098 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EIF2B1, EIF2BA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q14232 #2: Sugar | ChemComp-M6P / #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 100 mM ammonium sulfate, 0.5% octyl-beta-glucoside, pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→55.61 Å / Num. obs: 150142 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 59.66 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.797 Å / Num. unique obs: 15063 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 99.64 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ECS Resolution: 2.7→55.61 Å / SU ML: 0.3434 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.4496 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→55.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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