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- PDB-7kes: Crystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycosid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kes
タイトルCrystal structure of meta-AAC0038, an environmental aminoglycoside resistance enzyme, mutant H168A in complex with apramycin and CoA
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / ANTIBIOTIC_NAT FAMILY / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE (アミノグリコシド系抗生物質) / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / METAGENOME (メタゲノミクス) / SOIL / CSGID / TRANSFERASE (転移酵素) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / NIAID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / アプラマイシン / 補酵素A / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Michalska, K. / Xu, Z. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and molecular rationale for the diversification of resistance mediated by the Antibiotic_NAT family.
著者: Stogios, P.J. / Bordeleau, E. / Xu, Z. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Chou, S. / Diorio-Toth, L. / D'Souza, A.W. / Patel, S. / Dantas, G. / Wright, G.D. / Savchenko, A.
履歴
登録2020年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
B: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,32711
ポリマ－57,3092
非ポリマー3,0189
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)127.766, 127.766, 94.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase


分子量: 28654.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: PMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -MAGIC
参照: UniProt: A0A059X981, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase

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非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-AM2 / APRAMYCIN / NEBRAMYCIN II / 4-O-(3ALPHA-AMINO-6ALPHA-((4-AMINO-4-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY)-2,3,4,5ABETA,6,7,8,8AALPHA-OCTAHYDRO-8BETA-HYDROXY-7BETA-(METHYLAMINO)PYRANO(3,2-B)PYRAN-2ALPHA-YL)-2-DEOXY-D-STREPTAMINE / アプラマイシン


分子量: 539.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N5O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 50mM ADA pH 7, 10 mM apramycin

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→30 Å / Num. obs: 36915 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 56.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 1.427 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1816 / CC1/2: 0.601 / Rpim(I) all: 0.505 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HT0

5ht0


解像度: 2.36→29.19 Å / SU ML: 0.3252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.1471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 1846 5.01 %RANDOM
Rwork0.1905 35033 --
obs0.1924 36879 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3992 0 195 167 4354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00474288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33695846
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0684652
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.71991606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.430.34671370.2962628X-RAY DIFFRACTION99.25
2.43-2.50.3041390.26962641X-RAY DIFFRACTION99.93
2.5-2.580.29721440.25782681X-RAY DIFFRACTION99.93
2.58-2.670.29431380.24342675X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.780.25971440.22912682X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.90.24571430.2342687X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.050.2921440.23832693X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.250.28491450.22122666X-RAY DIFFRACTION99.96
3.25-3.50.23931410.20412678X-RAY DIFFRACTION100
3.5-3.850.23071400.18722704X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.40.20611410.15932733X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.540.18721420.15652742X-RAY DIFFRACTION100
5.54-29.190.19161480.16832823X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.88317501191-3.92724241858-1.05706513074.63910009815-0.7361852062387.266573473670.0707525754243-0.195583151457-0.0193323868014-0.0289662224193-0.0791106774173-0.140227210387-0.3700001891090.7478643403820.04735435404140.263289543382-0.153830789769-0.0333653791120.466759070554-0.001445011363350.42913815456821.5357284282-53.8307250941-1.82544750811
29.00842274279-0.0476976218078-4.822586199938.407322750175.089952314658.216352031810.104491672736-0.497456343091.535287571410.1245949022470.0424543061388-0.331820145804-0.800851684132-0.611707006234-0.1546132266010.425761666586-0.1454496812690.02259304987110.3972287522490.06814591153680.4207879449323.14403589786-52.9831484312.38761382771
37.15031582337-0.6971904059991.619360621424.96641576999-3.290643813033.03918413228-0.0587616672288-0.2971158548920.3759531656280.3277560620060.4166055118960.982001912125-0.9595713916-1.44538819488-0.2747979566460.5488230966640.2070233592910.0214143893150.9979599805740.1602065539620.652446702169-10.9476768696-47.6691342633-1.62555484945
44.346885772740.9493289952160.4759038439281.209770935290.5017008955523.588365506170.0869341855574-0.5549054960260.1800659397850.1910068974760.02678696276450.0689332018724-0.378674057733-0.296161749022-0.1000070255530.384964334792-0.0389212894670.01293497552170.5602421435190.05744778119430.445043869525.19887347939-51.658132697912.4035266463
56.810552659153.007129196122.41051250622.179120435141.420513706728.42225802998-0.06257154253710.3693470085990.35815524462-0.1709285137760.1350115874620.555421368734-0.503435827598-1.37314611225-0.006466973325410.3963280110980.0465385645747-0.05407572240610.9926865551320.2875408264150.677565349909-11.1838527374-45.3591696058-18.2280676211
64.66251857607-2.30769409894-1.620209898412.94322983147-1.037900111533.728222168530.08949317684520.265291843850.248414810241-0.02723376343960.12897407421-0.252429680407-0.131485657516-0.0903791522063-0.1978407966310.425684993664-0.1501715637970.007653410851430.500948689879-0.05471310617680.3591681387915.1893984882-53.309561498-20.1148755218
72.83110026096-0.93976896451-1.194360411651.976728034230.04615880962392.77459569852-0.08592203653151.101746984150.0395349772963-0.5040213335140.1408447373910.15433079633-0.0342687747477-0.670782043226-0.05672819127660.508251471145-0.209706909821-0.03593387751890.8679986631780.0487708373780.4771095358567.48450388066-53.6807532109-29.3324169926
82.62528443139-1.591961049520.08250403997953.65963051932-0.7505207831662.803714867940.1234470095871.341870513440.762009750278-0.8425260104150.04874141326750.221801843899-0.360334357634-0.976739130967-0.1960633614450.895323006018-0.00343648210243-0.1614578333311.342932528370.3681304177540.741403188083-0.186095379096-39.902195144-38.4287415716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 69 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 262 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 53 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 54 through 92 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 93 through 202 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 203 through 262 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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