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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ep3 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of ZER1 bound to GAGN degron | ||||||||||||
要素 | Protein zer-1 homolog | ||||||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) | ||||||||||||
機能・相同性 | Cul2-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich repeat domain superfamily / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein zer-1 homolog 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.513 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan, X. / Li, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021 タイトル: Molecular basis for recognition of Gly/N-degrons by CRL2 ZYG11B and CRL2 ZER1 . 著者: Yan, X. / Li, Y. / Wang, G. / Zhou, Z. / Song, G. / Feng, Q. / Zhao, Y. / Mi, W. / Ma, Z. / Dong, C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ep3.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ep3.ent.gz | 45.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ep3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7ep3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7ep3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28982.477 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 520-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZER1, C9orf60, ZYG, ZYG11BL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z7L7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium formate, 23% (wt/vol) Polyethylene glycol 3,350, 0.033% (wt/vol) Anthrone, 0.033% (wt/vol) Congo Red, 0.033% (wt/vol) N-(2-Acetamido)-2-aminoethanesulfonic acid, 0.002 M HEPES sodium pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979191 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979191 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→59.19 Å / Num. obs: 43366 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2864 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7EP0 解像度: 1.513→22.323 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.513→22.323 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.513→1.567 Å
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