PDB-7bll: Structure of SusD homologue BT3013 from Bacteroides thetaiotaomicron

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bll

タイトル

Structure of SusD homologue BT3013 from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

SusD homolog

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

Bacteroides thetaiotaomicron / surface glycan-binding protein (SusD homologue) /

gut microbiome (腸内細菌) /

mucins (ムチン)

機能・相同性

SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain /

SusD family / cell outer membrane / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SusD homolog

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Costa, R.L.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for mucin-type O-glycan recognition by proteins of a Bacteroides thetaiotaomicron polysaccharide utilization loci
著者: Costa, R.L. / Correia, V.G.

履歴

登録	2021年1月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bll.cif.gz	301.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bll.ent.gz	207.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7bll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7bll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7blgC 7blhC 7bljC 7blkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sqc-d 3sqc-3 3sqc-2 2rfx-d 3czg-d 2sqc-1 3bjx-1 6jtp-d 6mpp-d 4nnb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SusD homolog

ヘテロ分子

73.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.530, 65.830, 87.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1227- HOH
2	1	A-1246- HOH
3	1	A-1330- HOH

#1: タンパク質	SusD homolog / Surface glycan-binding protein (SusD homologue) from Bacteroides thetaiotaomicron 分子量: 73420.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3013 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8A3E1
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein at 14mg/ml 30% w/v PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→86.57 Å / Num. obs: 372154 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.66 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.76→1.8 Å / Num. unique obs: 19950 / CC_1/2: 0.939

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.76→56.97 Å / SU ML: 0.2002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.8474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	6359	5.12 %
R_work	0.1626	117871	-
obs	0.1645	124230	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→56.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4825	0	11	570	5406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0122	5010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1192	6820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0593	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0094	892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.5136	703

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.2802	224	0.2295	3990	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.78-1.8	0.3225	172	0.2171	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.8-1.82	0.2956	209	0.2335	3934	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.83-1.85	0.3138	211	0.2357	3926	X-RAY DIFFRACTION	99.02
1.85-1.87	0.2854	227	0.2332	3928	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.87-1.9	0.2665	199	0.2175	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.26
1.9-1.93	0.238	229	0.2207	3845	X-RAY DIFFRACTION	99.22
1.93-1.95	0.2727	221	0.2203	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.95-1.98	0.2711	260	0.2458	3832	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.98-2.02	0.2445	231	0.2271	3908	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.02-2.05	0.2212	201	0.1993	4008	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.05-2.09	0.2342	221	0.1746	3867	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.09-2.13	0.2103	206	0.1767	4004	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.13-2.17	0.2322	227	0.18	3803	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.17-2.22	0.2367	224	0.1829	3945	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.22-2.27	0.2485	277	0.1725	3926	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.27-2.33	0.2342	211	0.1685	3885	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.33-2.39	0.2383	224	0.1882	3850	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.39-2.46	0.2299	175	0.1614	3947	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.46-2.54	0.1946	169	0.1515	4082	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.54-2.63	0.1582	196	0.1562	3911	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.63-2.74	0.2061	193	0.1476	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.74-2.86	0.1772	217	0.1449	3987	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-3.01	0.1668	226	0.1507	3882	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.01-3.2	0.1937	176	0.1571	3923	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.2-3.45	0.1813	198	0.1454	3996	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.45-3.8	0.1555	233	0.1287	3937	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.8-4.34	0.1396	185	0.1163	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.35-5.47	0.1357	202	0.1216	3952	X-RAY DIFFRACTION	99.31
5.47-56.97	0.1816	215	0.1581	3887	X-RAY DIFFRACTION	99.08

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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