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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7azq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the iron/manganese cambialistic superoxide dismutase from Rhodobacter capsulatus complex with Fe | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Fe] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / superoxide oxidoreductase / SODs / metal ion binding protein. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ponce-Salvatierra, A. / Hermoso, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural and functional characterization of the cambialistic superoxide dismutase from Rhodobacter capsulatus. 著者: Ponce-Salvatierra, A. / Di Capua, C. / Gonzalez, J. / Cortez, N. / Hermoso, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7azq.cif.gz | 172 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7azq.ent.gz | 137 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7azq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7azq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22016.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) 遺伝子: sodB, sod / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O30970, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 58% MPD, 200 mM CaCl2, and 100 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97909 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97909 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→57.62 Å / Num. obs: 40497 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 122 % / CC1/2: 0.942 / Net I/σ(I): 17.11 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.072 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique obs: 3978 / CC1/2: 0.833 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1dt0 解像度: 2→57.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.673 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.514 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→57.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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