PDB-6yxk: Crystal structure of ACPA 3F3 in complex with cit-vimentin 59-74

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yxk

タイトル

Crystal structure of ACPA 3F3 in complex with cit-vimentin 59-74

要素

ACPA 3F3 Fab fragment - heavy chain
ACPA 3F3 Fab fragment - light chain
Citrullinated Vimentin (59-74)

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / anti-citrullinated protein antibody Fab fragment / citrullinated vimentin

機能・相同性

機能・相同性情報

lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton /

中間径フィラメント ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ge, C. / Holmdahl, R.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Surface Ig variable domain glycosylation affects autoantigen binding and acts as threshold for human autoreactive B cell activation.
著者: Kissel, T. / Ge, C. / Hafkenscheid, L. / Kwekkeboom, J.C. / Slot, L.M. / Cavallari, M. / He, Y. / van Schie, K.A. / Vergroesen, R.D. / Kampstra, A.S.B. / Reijm, S. / Stoeken-Rijsbergen, G. / ...

履歴

登録	2020年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yxk.cif.gz	315.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yxk.ent.gz	252.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yxlC 6yxmC 5ocxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a6i-d 1b4j-d 1mnu-d 1cfs-d 6axl-1 5gux-1 3qct-d 6h0e-3 6dc4-d 6wkl-d 6p4y-d 4ydv-2 3bae-d 4kmt-d 6mqc-1 4aeh-d 6vbp-3 4k8r-3 4xcn-2 4hzl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ACPA 3F3 Fab fragment - heavy chain

B: ACPA 3F3 Fab fragment - light chain

C: Citrullinated Vimentin (59-74)

ヘテロ分子

50.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.379, 82.094, 135.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

ACPA 3F3 Fab fragment - heavy chain

分子量: 23772.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F(TM) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

ACPA 3F3 Fab fragment - light chain

分子量: 24120.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293F(TM) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質・ペプチド

Citrullinated Vimentin (59-74)

分子量: 1711.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08670

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20mM Tris pH 7.5, 20mM NaCl, 0.2M ammonium chloride pH 6.3, (20%) w/v PEG 3350)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→52.334 Å / Num. obs: 40933 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.94-52.28	6.9	0.058	542	0.996	0.032	0.066
2-2.05	8.2	0.936	3018	0.676	0.511	1.069

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	0.7.4	データ削減
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OCX(early model)

5ocx

解像度: 2→52.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 9.327 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2534	2026	4.953 %
R_work	0.2105	38876	-
all	0.213	-	-
obs	-	40902	99.513 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.926 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.275 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.201 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→52.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3395	0	64	303	3762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.259	1.665	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.472	1.597	7356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.14	5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.069	23.66	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.786	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.968	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.344	1.67	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.344	1.669	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.051	2.49	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.051	2.492	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.842	1.877	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.838	1.877	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.821	2.731	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.821	2.731	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.168	21.367	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.065	20.645	3845

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.285	151	0.261	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.8015
2.052-2.108	0.305	148	0.26	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.6874
2.108-2.169	0.331	155	0.266	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.8595
2.169-2.236	0.342	145	0.298	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.6016
2.236-2.309	0.308	117	0.284	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.7754
2.309-2.39	0.333	126	0.259	2464	X-RAY DIFFRACTION	99.6921
2.39-2.48	0.307	122	0.234	2363	X-RAY DIFFRACTION	99.5194
2.48-2.581	0.271	110	0.211	2284	X-RAY DIFFRACTION	98.6403
2.581-2.696	0.285	131	0.192	2152	X-RAY DIFFRACTION	98.2781
2.696-2.827	0.216	79	0.187	2097	X-RAY DIFFRACTION	97.4038
2.827-2.98	0.241	107	0.201	2001	X-RAY DIFFRACTION	99.8579
2.98-3.16	0.23	105	0.202	1911	X-RAY DIFFRACTION	99.9504
3.16-3.378	0.219	95	0.197	1793	X-RAY DIFFRACTION	99.8942
3.378-3.648	0.228	105	0.198	1653	X-RAY DIFFRACTION	99.9431
3.648-3.995	0.237	74	0.193	1563	X-RAY DIFFRACTION	99.9389
3.995-4.465	0.218	76	0.175	1428	X-RAY DIFFRACTION	100
4.465-5.152	0.265	68	0.177	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
5.152-6.302	0.232	41	0.229	1096	X-RAY DIFFRACTION	100
6.302-8.876	0.238	48	0.204	869	X-RAY DIFFRACTION	99.8911
8.876-52.28	0.23	23	0.23	517	X-RAY DIFFRACTION	99.2647

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5688	-0.7938	0.7003	1.4885	-0.5057	0.8003	-0.0541	-0.0435	0.1757	0.0438	-0.0148	-0.0868	-0.0944	-0.0429	0.0689	0.2158	-0.0299	-0.001	0.2182	-0.0111	0.0201	14.4399	65.3707	23.87
2	0.8521	-0.8414	0.7249	1.2336	-0.9711	1.033	0.0566	0.0283	-0.0825	-0.0538	0.0339	0.1217	0.0083	-0.0437	-0.0905	0.2272	-0.033	-0.0058	0.2461	-0.0094	0.0128	4.1662	54.3933	13.8032
3	0.0358	-0.4656	0.2133	8.3666	-2.3901	1.3503	-0.0021	0.0411	0.017	0.0197	-0.0375	-0.4407	0.0199	0.3112	0.0397	0.1706	0.0063	-0.0087	0.1841	0.0195	0.1694	30.7698	35.8474	32.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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