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- PDB-6ylq: EGFP in neutral pH, Directionality of Optical Properties of Fluor... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ylq | ||||||
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Title | EGFP in neutral pH, Directionality of Optical Properties of Fluorescent Proteins | ||||||
![]() | eGFP![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Myskova, J. / Rybakova, M. / Brynda, J. / Lazar, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Directionality of light absorption and emission in representative fluorescent proteins. Authors: Myskova, J. / Rybakova, O. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Bondar, A. / Lazar, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 61.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 45.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 28569.184 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.43 % Description: A - long axis of crystal B, C - diagonal to the crystal faces |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: PEG 8000, HEPES, magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 300K / Detector: PIXEL / Date: Jul 12, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.63→39.39 Å / Num. obs: 24211 / % possible obs: 86.5 % / Redundancy: 5.924 % / Biso Wilson estimate: 26.221 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 15.35 / Num. measured all: 143428 / Scaling rejects: 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.13 Å2 / Biso mean: 24.211 Å2 / Biso min: 14.06 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→39.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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