+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ylm | ||||||
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Title | mCherry | ||||||
Components | mCherry | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / mCherry | ||||||
Function / homology | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / PAmCherry1 protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Discosoma sp. (sea anemone) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Myskova, J. / Rybakova, M. / Brynda, J. / Lazar, J. | ||||||
Funding support | Czech Republic, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Directionality of light absorption and emission in representative fluorescent proteins. Authors: Myskova, J. / Rybakova, O. / Brynda, J. / Khoroshyy, P. / Bondar, A. / Lazar, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ylm.cif.gz | 66.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ylm.ent.gz | 46.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ylm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6ylm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6ylm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ylnC 6yloC 6ylpC 6ylqC 6ylsC 2h5qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30297.965 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Discosoma sp. (sea anemone) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D1MPT3*PLUS | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.88 % Description: A - in crystal plane, perpendicular to long crystal axis B - long crystal axis C - at 129 degrees from the crystal plane |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 / Details: PEG 6000, tri-sodium citrate, lithium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5419 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 300K / Detector: PIXEL / Date: Apr 9, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5419 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→67.12 Å / Num. obs: 39100 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 6.158 % / Biso Wilson estimate: 29.347 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 240760 / Scaling rejects: 369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2h5q Resolution: 1.6→67.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.2002 / WRfactor Rwork: 0.1877 / FOM work R set: 0.7311 / SU B: 2.289 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.0855 / SU Rfree: 0.0816 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.082 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.59 Å2 / Biso mean: 28.22 Å2 / Biso min: 15.89 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→67.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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