PDB-6yl5: Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yl5

タイトル

Crystal structure of the SAM-SAH riboswitch with SAH

要素

Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

キーワード

RNA (リボ核酸) /

Pseudoknot (シュードノット) / SAM /

Riboswitch (リボスイッチ)

機能・相同性

S-アデノシル-L-ホモシステイン /

リボ核酸 / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Roseobacter sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Huang, L. / Lilley, D.M.J.

資金援助

英国,

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure and ligand-induced folding of the SAM/SAH riboswitch.
著者: Huang, L. / Liao, T.W. / Wang, J. / Ha, T. / Lilley, D.M.J.

履歴

登録	2020年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yl5.cif.gz	382.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yl5.ent.gz	258.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/6yl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ylbC 6ymiC 6ymjC 6ymkC 6ymlC 6ymmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ymk-d 6ymj-d 6ylb-d 6ymi-d 3ubi-1 5o82-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
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類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

B: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

C: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

D: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

E: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

F: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

G: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

H: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

I: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

J: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

K: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

L: Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

ヘテロ分子

140 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.750, 147.610, 74.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.070, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-231- HOH

-
RNA鎖 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: RNA鎖	Chains: A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 分子量: 11330.620 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Roseobacter sp. (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.01 M Magnesium Sulfate, 0.05 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 1.8 M Lithium Sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.912 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→74.75 Å / Num. obs: 190284 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.39 % / B_iso Wilson estimate: 34.22 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4855 / CC_1/2: 0.5 / R_pim(I) all: 0.586

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→74.61 Å / SU ML: 0.2066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.1816

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2004	9346	4.91 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1736	190284	94.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→74.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	4452	247	533	5232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0119	5211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.9006	8079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0748	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0189	225
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.8989	2583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3705	318	0.3384	5687	X-RAY DIFFRACTION	89.98
1.72-1.74	0.3627	291	0.326	6235	X-RAY DIFFRACTION	96.21
1.74-1.76	0.28	259	0.3012	6215	X-RAY DIFFRACTION	96.21
1.76-1.79	0.3305	269	0.2956	6274	X-RAY DIFFRACTION	96.59
1.79-1.81	0.2743	322	0.2747	6154	X-RAY DIFFRACTION	96.83
1.81-1.84	0.2574	319	0.2626	6168	X-RAY DIFFRACTION	96.55
1.84-1.86	0.2699	347	0.2586	6215	X-RAY DIFFRACTION	96.15
1.86-1.89	0.2852	361	0.2702	5828	X-RAY DIFFRACTION	92.69
1.89-1.92	0.3126	299	0.2743	5792	X-RAY DIFFRACTION	89.75
1.92-1.95	0.2417	325	0.2418	6106	X-RAY DIFFRACTION	95.46
1.95-1.98	0.2185	388	0.2233	6137	X-RAY DIFFRACTION	97.17
1.98-2.02	0.2573	371	0.2283	6080	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.02-2.06	0.2349	398	0.2258	5749	X-RAY DIFFRACTION	91.41
2.06-2.1	0.2476	340	0.2133	6087	X-RAY DIFFRACTION	95.81
2.1-2.15	0.2654	334	0.206	6203	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2.15-2.2	0.2627	335	0.2008	6206	X-RAY DIFFRACTION	96.32
2.2-2.25	0.2583	326	0.2054	5944	X-RAY DIFFRACTION	92.78
2.25-2.31	0.2407	340	0.202	6133	X-RAY DIFFRACTION	96.73
2.31-2.38	0.2292	333	0.1997	6173	X-RAY DIFFRACTION	95.73
2.38-2.46	0.2159	300	0.1915	6043	X-RAY DIFFRACTION	94.71
2.46-2.54	0.2441	271	0.1932	6273	X-RAY DIFFRACTION	96.72
2.54-2.65	0.2416	279	0.1948	6001	X-RAY DIFFRACTION	93.58
2.65-2.77	0.2309	355	0.1982	6012	X-RAY DIFFRACTION	93.58
2.77-2.91	0.2265	263	0.1971	5956	X-RAY DIFFRACTION	93.34
2.91-3.1	0.2192	251	0.1718	6050	X-RAY DIFFRACTION	92.69
3.1-3.33	0.1556	281	0.159	5920	X-RAY DIFFRACTION	92.26
3.33-3.67	0.1613	199	0.1402	5882	X-RAY DIFFRACTION	90.13
3.67-4.2	0.1555	217	0.1258	5845	X-RAY DIFFRACTION	89.91
4.2-5.29	0.1528	302	0.1299	5884	X-RAY DIFFRACTION	91.24
5.29-74.61	0.1627	353	0.1425	5686	X-RAY DIFFRACTION	89.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2686094004	3.08495695357	0.793290912605	2.99267180554	0.926633709087	7.88938663549	-0.565162599221	-0.72779773833	0.634894821646	0.0370527453947	0.223692382328	0.734861931731	-0.169517045601	-0.688227751664	0.285991607953	0.398564448882	-0.0297530411533	-0.0844169993208	0.361216666257	-0.0043990132372	0.517134000685	19.7278899186	11.463036855	24.960682496
2	4.76279579106	0.473764918343	1.49065773338	0.510130010807	-0.26623152904	2.4846129056	0.0678485225926	-0.0693616225681	-0.0472421268419	-0.087527659783	0.0194810391079	0.0502071595804	0.111542049665	-0.019135885974	-0.037019917345	0.313678040836	-0.00477246602122	-0.000265841546518	0.259608436197	0.0273218751987	0.282384036537	38.8915638953	15.0020913814	24.2703098182
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23	2.09402343932	-0.403225920729	0.739968718005	3.99263347999	-2.16611067781	2.72224287098	0.0939587918728	-0.065613651521	-0.360654276866	-0.367677442096	-0.202225279504	-0.240313711129	0.334116035819	0.113851481292	0.127748120964	0.406511611764	-0.00595795496683	-0.00130149240597	0.312161134498	-0.0225496195573	0.379525161853	-16.6820749097	39.5938659325	9.37656834582
24	1.3800759043	-0.51683565356	-1.60682984876	2.85248412456	-2.85336330372	6.44281077909	0.168340620763	-0.0452469395596	-0.257198030479	-0.353982054099	-0.237778100934	0.275934581734	-0.247219626634	-0.399690644399	0.00856164998554	0.318952796225	0.00400326342827	-0.0882416771818	0.33764351039	-0.0476079588535	0.363041746455	-24.8467464819	54.4958912208	8.88558552084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 27 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 43 through 51 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 7 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 18 through 22 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 23 through 32 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 43 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 7 through 17 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 18 through 22 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 23 through 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 43 through 51 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 7 through 17 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 18 through 22 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'G' and (resid 23 through 32 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'H' and (resid 43 through 51 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'I' and (resid 7 through 12 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'I' and (resid 13 through 17 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'I' and (resid 18 through 27 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'I' and (resid 28 through 32 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'J' and (resid 43 through 51 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'K' and (resid 7 through 17 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'K' and (resid 18 through 32 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'L' and (resid 43 through 51 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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