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- PDB-6y6h: Crystal structure of STK17b (DRAK2) in complex with UNC-AP-194 probe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y6h
タイトルCrystal structure of STK17b (DRAK2) in complex with UNC-AP-194 probe
要素Serine/threonine-protein kinase 17B
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / kinase inhibitor / PKIS / DRAK2 / chemical probe / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / マイクロフィラメント / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / マイクロフィラメント / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 17B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Serine/threonine-protein kinase 17B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OBW / Serine/threonine-protein kinase 17B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Drewry, D. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: A Chemical Probe for Dark Kinase STK17B Derives Its Potency and High Selectivity through a Unique P-Loop Conformation.
著者: Picado, A. / Chaikuad, A. / Wells, C.I. / Shrestha, S. / Zuercher, W.J. / Pickett, J.E. / Kwarcinski, F.E. / Sinha, P. / de Silva, C.S. / Zutshi, R. / Liu, S. / Kannan, N. / Knapp, S. / ...著者: Picado, A. / Chaikuad, A. / Wells, C.I. / Shrestha, S. / Zuercher, W.J. / Pickett, J.E. / Kwarcinski, F.E. / Sinha, P. / de Silva, C.S. / Zutshi, R. / Liu, S. / Kannan, N. / Knapp, S. / Drewry, D.H. / Willson, T.M.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 17B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9967
ポリマ－37,3271
非ポリマー6696
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area14940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.599, 83.599, 114.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 17B / DAP kinase-related apoptosis-inducing protein kinase 2


分子量: 37327.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK17B, DRAK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: O94768, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-OBW / 2-[6-(1-benzothiophen-2-yl)thieno[3,2-d]pyrimidin-4-yl]sulfanylethanoic acid


分子量: 358.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10N2O2S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 13% PEG 3350, 0.1M NaCl, 0.1M bis-tris 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.8 Å / Num. obs: 30247 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-2.026.70.8832.128850.5430.3961.03798.9
7.55-41.85.90.0396230.9980.0170.04399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3lm5

3lm5


解像度: 1.95→41.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.428 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.128
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 1570 5.2 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1828 28634 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 38.067 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.219 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→41.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 43 172 2551
Biso mean--41.97 44.34 -
残基数----292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.6443438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2761.575419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0415312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30723.692130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9915444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9971511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02511
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 100 -
Rwork0.276 2098 -
all-2198 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45730.2016-0.12870.9037-0.55070.4059-0.0150.0370.0391-0.03360.0211-0.04670.0394-0.002-0.00610.00640.0018-0.00820.03150.00980.030457.63033.1807-3.9119
20.67440.0602-0.2830.4589-0.09890.84020.0496-0.11910.04990.010.02130.0307-0.10260.0094-0.07090.0138-0.00930.00450.05310.02180.033164.404824.2105-7.6601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 183
2X-RAY DIFFRACTION2A184 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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