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Yorodumi- PDB-6qf4: X-Ray structure of human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B) aka... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qf4 | |||||||||||||||||||||
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Title | X-Ray structure of human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B) aka DRAK2 in complex with ADP obtained by on-chip soaking | |||||||||||||||||||||
Components | Serine/threonine-protein kinase 17B | |||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSFERASE / STK17B / DRAK2 / ADP / on-chip ligand soaking | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.495 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. ...Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
Funding support | Germany, Sweden, United States, 6items
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Citation | Journal: Iucrj / Year: 2019 Title: On-chip crystallization for serial crystallography experiments and on-chip ligand-binding studies. Authors: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. ...Authors: Lieske, J. / Cerv, M. / Kreida, S. / Komadina, D. / Fischer, J. / Barthelmess, M. / Fischer, P. / Pakendorf, T. / Yefanov, O. / Mariani, V. / Seine, T. / Ross, B.H. / Crosas, E. / Lorbeer, O. / Burkhardt, A. / Lane, T.J. / Guenther, S. / Bergtholdt, J. / Schoen, S. / Tornroth-Horsefield, S. / Chapman, H.N. / Meents, A. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qf4.cif.gz | 190.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qf4.ent.gz | 152.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qf4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/6qf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/6qf4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6qf1C 6qf2C 6qf3C 6qf5C 3lm5S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 37327.086 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: STK17B, DRAK2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O94768, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-Non-polymers , 6 types, 127 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / |
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#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Chemical | ChemComp-ACT / |
#6: Chemical | ChemComp-ADP / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: batch mode / pH: 7.5 Details: 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 3350, 50mM sodium/potassium tartrate, 0.8mM quercetin |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.495→42.74 Å / Num. obs: 15529 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 41.29 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 14.7 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Serial crystallography sample delivery | Method: fixed target | |||||||||||||||||||||||||||
Serial crystallography sample delivery fixed target | Sample dehydration prevention: cryo stream / Sample holding: single crystalline silicon chip / Support base: goniometer |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3LM5 Resolution: 2.495→42.739 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 170.91 Å2 / Biso mean: 57.04 Å2 / Biso min: 16.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.495→42.739 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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